Ngoài lựa chọn doanh nghiệp thẩm định giá, VAMC cũng được quyết định thành lập Hội đồng đấu giá nợ xấu, tài sản bảo đảm của khoản nợ xấu đối với các khoản nợ xấu, tài sản bảo đảm của khoản nợ xấu có giá trị lớn theo quy định. 

Hoạt động của Hội đồng đấu giá nợ xấu, tài sản bảo đảm của khản nợ xấu phải tuân thủ 2 nguyên tắc. Thứ nhất, cuộc đấu giá do Hội đồng đấu giá nợ xấu, tài sản bảo đảm của khoản nợ xấu thực hiện phải có ít nhất hai phần ba số thành viên Hội đồng tham dự.

Thứ hai, Hội đồng đấu giá nợ xấu, tài sản bảo đảm của khoản nợ xấu làm việc theo nguyên tắc tập trung, thảo luận tập thể và quyết định theo đa số thông qua hình thức biểu quyết hoặc bỏ phiếu kín. Trường hợp kết quả biểu quyết hoặc số phiếu bằng nhau thì Chủ tịch Hội đồng có quyền quyết định cuối cùng.