Thông tư nêu rõ quy trình lập quy hoạch phát triển, ứng dụng năng lượng nguyên tử gồm các bước sau:

Bước 1: Xây dựng thuyết minh lập nhiệm vụ lập quy hoạch.

Bước 2: Lựa chọn tổ chức tư vấn, thuê chuyên gia.

Bước 3: Lập nhiệm vụ lập quy hoạch:

- Thu thập, tổng hợp thông tin, dữ liệu ban đầu phục vụ lập nhiệm vụ lập quy hoạch.

- Xác định căn cứ lập quy hoạch, phạm vi, thời kỳ quy hoạch, tầm nhìn quy hoạch, quan điểm, mục tiêu, nguyên tắc lập quy hoạch.

- Xác định yêu cầu về rà soát và đánh giá tổng quan quy hoạch thời kỳ trước. Yêu cầu về dự báo triển vọng, nhu cầu phát triển và nguồn nhân lực trong thời kỳ quy hoạch.

- Nghiên cứu, xác định các nội dung chính của quy hoạch và tổng hợp các hợp phần.

- Xác định phương pháp lập quy hoạch, quy trình tích hợp quy hoạch, thành phần, số lượng và tiêu chuẩn, quy cách sản phẩm quy hoạch.

- Nghiên cứu xác định thời hạn lập quy hoạch, kế hoạch, tiến độ lập quy hoạch và tổng hợp các hợp phần quy hoạch; xác định trách nhiệm của các cơ quan liên quan.

- Xác định chi phí lập quy hoạch và tổng hợp các hợp phần quy hoạch.

- Xây dựng các dự thảo văn bản trình phê duyệt.

Bước 4: Gửi xin ý kiến các bộ, ngành, cơ quan liên quan và hoàn thiện hồ sơ lập quy hoạch.

Bước 5: Thẩm định quy hoạch.

Bước 6: Hoàn thiện, trình phê duyệt quy hoạch.