Sáu bị can gồm Phạm Hải Bằng (sinh năm 1969), nguyên Phó Giám đốc; Nguyễn Nam Thái (sinh năm 1977), nguyên Trưởng phòng thực hiện dự án 3; Trần Văn Lục (sinh năm 1958), nguyên Giám đốc; Trần Quốc Đông (sinh năm 1964), nguyên Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam, nguyên Giám đốc RPMU; Nguyễn Văn Hiếu (sinh năm 1962), nguyên Giám đốc; Phạm Quang Duy (sinh năm 1975), nguyên Phó Giám đốc trong vụ án tại RPMU thuộc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.

Theo cáo trạng, ngày 31/10/2008, Bộ Giao thông Vận tải có Quyết định số 3304/QĐ-BGTVT về việc phê duyệt Dự án xây dựng đường sắt đô thị tuyến số 1 (giai đoạn 1).

Ngày 26/11/2008, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (VNR) giao nhiệm vụ đại diện chủ đầu tư quản lý dự án tuyến số 01 cho Ban quản lý các dự án Đường sắt Việt Nam.

Ngày 5/1/2009, RPMU có Quyết định số 07/QĐ-RPMU-ADM thành lập Tổ dự án Tuyến số 01 gồm 21 thành viên, trong đó Phạm Hải Băng - Phó Giám đốc RPMU - làm Chủ nhiệm dự án, Phạm Quang Duy - Trưởng phòng Dự án 3 - là Điều phối viên, Nguyên Nam Thái - Phó Trưởng phòng Dự án - là chuyên viên kỹ thuật.

Ngày 9/1/2009, RPMU có quyết định thành lập Tổ chuyên gia đấu thầu Dịch vụ tư vấn kỹ thuật của Dự án Tuyến số 01 gồm 13 thành viên, trong đó Phạm Hải Bằng - Tổ trưởng, Phạm Quang Duy - Tổ viên thường trực, Nguyên Nam Thái - Tổ viên.

Ngày 9/9/2009, VNR đã ký hợp đồng dịch vụ tư vấn kỹ thuật dự án tuyến số 01 với Liên danh (gọi tắt là JKT) do JTC đứng đầu. Hợp đồng có tổng trị giá hơn 2,9 tỷ yen Nhật và hơn 320 tỷ đồng bằng vốn vay ODA và vốn đối ứng của Việt Nam theo Hiệp định vay JICA lần 1 với giá trị 4.683 tỷ yen ký ngày 31/3/2008 cho công tác thiết kế kỹ thuật và hỗ trợ đấu thầu giai đoạn 1. Nhưng do tăng khối lượng công việc thiết kế cơ bản và thiết kế kỹ thuật, nhà thầu JKT đề xuất thay đổi một số thông số và nội dung của dự án, dẫn đến phải chỉnh giá trị hợp đồng tư vấn tăng 7,68% (tương ứng hơn 703 triệu yen và gần 84,5 tỷ đồng).

Trong quá trình tổ chức thực hiện hợp đồng, bị can Phạm Hải Bằng nêu khó khăn của RPMU về chi phí triển khai thực hiện dự án nên được đại diện JTC đồng ý hỗ trợ.

Thực tế JTC đã hỗ trợ khoảng 11 tỷ đồng. Số tiền này, các bị can sử dụng vào các hoạt động liên quan đến dự án như chi phí tổ chức lễ ký kết hợp đồng, hội họp, tiếp khách, đối ngoại, chi nghỉ mát, thưởng ngày lễ, tết cho cán bộ nhân viên...

Việc nhà thầu JTC chi tiền ngoài hợp đồng cho RPMU đã bị các cơ quan tiến hành tố tụng Nhật Bản khởi tố, xử lý về hành vi vi phạm Luật cạnh tranh không công bằng và kiến nghị Việt Nam xác minh làm rõ hành vi của các cán bộ tại RPMU.

Cũng theo cáo trạng, từ tháng 9/2009 đến tháng 2/2014, Phạm Hải Bằng đã trực tiếp hoặc chỉ đạo Phạm Quang Duy, Nguyễn Nam Thái nhiều lần nhận tiền của JTC. Theo tài liệu điều tra của Nhật Bản là 15 lần. Số tiền nhận được đều là yen Nhật, được Duy hoặc Thái đổi ra tiền Việt Nam được 11 tỷ đồng.

Việc giao nhận tiền diễn ra tại trụ sở RPMU hoặc văn phòng JKT tại Hà Nội. Trong tổng số 11 tỷ đồng đã nhận, Phạm Hải Bằng quản lý và sử dụng 4,8 tỷ đồng, Nguyễn Nam Thái quản lý và sử dụng 3,4 tỷ đồng. Số tiền còn lại 2,8 tỷ đồng được chuyển cho Duy nhưng sau đó Duy lại đưa cho Thái để cùng cán bộ phòng 3 sử dụng (tổng cộng có 26 nhân viên của phòng 3 nhận số tiền 806 triệu đồng).

Việc nhận tiền không được RPMU đưa vào sổ sách. Quá trình nhận và chi tiền đều báo cáo giám đốc RPMU qua các thời kỳ nhưng các bị can Trần Văn Lục, Trần Quốc Đông, Nguyễn Văn Hiếu không có chỉ đạo gì, thậm chí còn hưởng lợi.

Điển hình như Tết năm 2010, Phạm Hải Bằng đưa cho Trần Văn Lục 100 triệu đồng, dịp Tết 2010, 2011 Bằng đưa cho Trần Quốc Đông 30 triệu đồng, Tết 2014 đưa cho Nguyễn Văn Hiếu 50 triệu đồng. Khi vụ án được khởi tố, các bị can đã nộp lại một phần tiền gồm 1,765 tỷ đồng và 7.000 USD.

Hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn thỏa thuận nhà thầu JTC chi tiền ngoài hợp đồng của Phạm Hải Bằng và Nguyễn Nam Thái để sử dụng đã gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, làm ảnh hưởng đến uy tín của Việt Nam; ảnh hưởng đến quan hệ hợp tác giữa Việt Nam và Nhật Bản trong việc vay vốn và sử dụng vốn vay ODA.

Cáo trạng cũng nêu rõ trong vụ án này còn có một số người liên quan như ông Nguyễn Hữu Bằng (nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm Tổng Giám đốc Tổng công ty Đường sắt Việt Nam), ông Ngô Anh Tảo (nguyên Phó Tổng Giám đốc)... Tuy nhiên, trong phạm vi vụ án này cơ quan chức năng mới khởi tố, điều tra hành vi trái pháp luật trong việc nhận tiền ngoài hợp đồng từ nhà thầu JTC, các nội dung khác được tách ra để xử lý sau.