Theo điều tra ban đầu của Công an tỉnh Khánh Hoà, trong thời gian từ tháng 7 - 10/2021, CDC Khánh Hòa tổ chức đấu thầu mua sắm kit xét nghiệm PCR Covid-19.
Ông Huỳnh Văn Dõng, Trần Quốc Huy (sinh năm 1981, Trưởng phòng Tổ chức - Hành chính CDC Khánh Hòa) đã câu kết và thông đồng với bà Nguyễn Thị Thúy (sinh năm 1989, Giám đốc Phòng Dự án Công ty TNHH Phát triển công nghệ ứng dụng VN - VNDAT) thực hiện trái pháp luật 5 gói thầu mua sắm bộ hóa chất xét nghiệm IVD dùng cho tách chiết a xít nucleic (loại 2.000 test/bộ, tổng cộng 116.00 kit xét nghiệm) phục vụ xét nghiệm Covid-19 cho CDC Khánh Hòa. Tổng giá trị 5 gói thầu này hơn 14,2 tỷ đồng, bao gồm 13,465 tỷ đồng từ nguồn ngân sách Nhà nước.
Trong quá trình thực hiện, ông Huỳnh Văn Dõng với tư cách là Tổ trưởng Tổ chuyên gia đấu thầu CDC Khánh Hòa không thực hiện mua sắm theo quy định của Luật Đấu thầu mà câu kết, thống nhất để Công ty VNDAT giao hàng hóa trước theo hình thức cho mượn, ứng trước để CDC Khánh Hòa sử dụng. Sau đó, các bên sẽ tìm cách hợp thức hoá hồ sơ đấu thầu, mỗi gói thầu cuối cùng chỉ có một đơn vị là VNDAT tham gia.
Quá trình thực hiện, bà Nguyễn Thị Thúy liên hệ với một số công ty và cung cấp theo yêu cầu của ông Trần Quốc Huy các báo giá sản phẩm bộ hóa chất xét nghiệm IVD cao hơn giá của VNDAT để Huy làm đề xuất hợp thức hóa giá dự toán, giá kế hoạch mua sản phẩm bằng giá của VNDAT.
Theo chỉ đạo của ông Huỳnh Văn Dõng, Trần Quốc Huy đã đề nghị nhà thầu VNDAT chi tiền phần trăm của hợp đồng (được VNDAT phê duyệt chi 15% giá trị gói thầu trước VAT). Bà Nguyễn Thị Thúy chỉ đạo cấp dưới 2 lần chuyển tiền cho ông Trần Quốc Huy (hơn 510 triệu đồng) qua tài khoản ông Trần Văn Hiệp (anh trai ông Huy) và 1 lần bà Thúy đưa 1,5 tỷ đồng tiền mặt cho Trần Quốc Huy với tổng cộng 1,977 tỷ đồng.
Số tiền này được ông Huy đưa lại cho ông Dõng, ông Dõng cho lại ông Huy 30 triệu và nhờ ông Huy đưa cho bà Mai Thị Minh Truyền (Kế toán trưởng CDC Khánh Hòa) 50 triệu đồng. Số tiền còn lại gần 1,9 tỷ đồng do ông Dõng quản lý, sử dụng vào mục đích cá nhân. Vụ việc đã tạo điều kiện cho VNDAT thu được lợi nhuận 370%, gây thiệt hại tài sản nhà nước 9,86 tỷ đồng.