Trong năm học 2019 – 2020, mức thu học phí trường chất lượng cao đối với cơ sở mầm non trên địa bàn thành phố bình quân là 3,59 triệu đồng/tháng, mức thu cao nhất là 5 triệu đồng/học sinh/tháng. Đối với trường tiểu học, mức thu bình quân là 3,65 triệu đồng/tháng, thu cao nhất là 5,1 triệu đồng/tháng.

Với trường trung học cơ sở, bình quân là 2,45 triệu đồng/tháng, cao nhất là 2,8 triệu đồng/tháng, còn với bậc trung học phổ thông, mức thu học phí là từ 4,98 – 5,3 triệu đồng/học sinh/tháng.

Năm học 2019 – 2020, trong số 14 trường công lập chất lượng cao, có 2 trường có mức học phí bằng 100% mức trần là Trường Tiểu học đô thị Sài Đồng và Trường THPT Phan Huy Chú- Đống Đa; 12 trường còn lại có mức thu học phí đạt từ 40% mức trần (Trường THCS Cầu Giấy) đến 98% mức trần (Trường Mẫu giáo Việt Triều Hữu nghị).