Về một số nội dung quản lý tài chính tài sản khác, HUD bị Thanh tra Chính phủ xác định còn để xảy ra nhiều khuyết điểm, vi phạm như bổ sung vốn điều lệ từ lợi nhuận kinh doanh. Dự án Văn Quán chưa quyết toán đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; chưa tuân thủ đầy đủ quy định trong quản lý, sử dụng tài sản cố định, đầu tư sau quy hoạch chi tiết được duyệt, xây dựng tăng căn hộ và tăng sàn chung cư để kinh doanh thu lợi. Các khoản nợ phải trả khoảng 6.600 tỷ đồng; khả năng thanh toán nợ khó khăn do mất cân đối dòng tiền, tồn kho nhiều (chiếm hơn 4.300 tỷ đồng).

Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Xây dựng rà soát xử lý theo pháp luật để HUD khắc phục tồn tại và nộp các loại tiền nợ đọng sử dụng đất của nhà nước, tiền chệnh lệch giá thành và giá bán trên 12.000m2…

Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Bộ Xây dựng và UBND thành phố Hà Nội điểm điểm và xử lý trách nhiệm đối những tập thể cá nhân liên quan đến khuyết điểm, vi phạm cụ thể giai đoạn từ tháng 9/2011 về trước. Cụ thể, hội đồng thành viên HUD với 7 người do ông Nguyễn Hiệp làm chủ tịch, Tổng giám đốc Nguyễn Đăng Nam phải chịu trách nhiệm đối với những tồn tại, vi phạm trong quyết định đầu tư vượt quá năng lực.

Giai đoạn từ tháng 9/2011 tới tháng 11/2012 Hội đồng HUD gồm 6 thành viên với chủ tịch là ông Nguyễn Đăng Nam, Ban giám đốc do ông Nghiêm Văn Bang làm Tổng giám đốc phải chịu trách nhiệm với việc chưa khắc phục được những khuyết điểm, tồn tại về quản lý tài sản và đầu tư, chưa tuân thủ đầy đủ, chặt chẽ về chế độ tài chính.