Dự án Hòn Rùa được cấp giấy chứng nhận đầu tư từ năm 2013, do Công ty TNHH Du lịch sinh thái Hòn Rùa làm chủ đầu tư. Mặc dù được cấp phép đầu tư đến nay đã 5 năm nhưng dự án đầu tư bị ngừng hoạt động mà nhà đầu tư không có khả năng khắc phục điều kiện ngừng hoạt động; sau khi được gia hạn 12 tháng, nhà đầu tư không thực hiện, không có khả năng thực hiện dự án theo tiến độ đăng ký với cơ quan đăng ký đầu tư và không thuộc trường hợp được giãn tiến độ thực hiện dự án đầu tư.

Trước đó, Sở KH&ĐT Khánh Hòa cấp giất chứng nhận đầu tư cho dự án Hòn Rùa có diện tích hơn 14ha, trong đó có 2,75ha diện tích đất, 0,125 diện tích bãi biển và bãi đá, còn lại 11,3ha là diện tích mặt nước liền kề. Tổng vốn đầu tư của dự án là 56 tỷ đồng.

Dự án đã được cấp giấy phép xây dựng vào tháng 8/2016, sau đó chủ đầu tư triển khai thi công và có nhiều sai phạm, trong đó nghiêm trọng nhất là lấn vịnh Nha Trang ngoài ranh giới dự án được giao với diện tích hơn 12.870m²; thi công xây dựng trái phép đường giao thông nội bộ trên đảo Hòn Rùa ngoài ranh giới được giao với diện tích 1.068m²...

UBND tỉnh Khánh Hòa cũng đã ra quyết định xử phạt đối với Công ty TNHH Du lịch sinh thái Hòn Rùa tổng số tiền 175 triệu đồng nhưng nhà đầu tư vẫn không khắc phục được lỗi vi phạm và tiến độ dự án nên bị thu hồi.