Theo đó, Kiểm toán Nhà nước yêu cầu chủ đầu tư là Ban quản lý dự án Hàng hải – Bộ Giao thông vận tải (GTVT) xử lý tài chính 391,7 tỷ đồng, trong đó thu hồi nộp ngân sách nhà nước 3,1 tỷ đồng; giảm thanh toán 177,5 tỷ đồng; giảm giá trị hợp đồng 129,7 tỷ đồng; xử lý khác 81 tỷ đồng.

Ngoài kiến nghị xử lý tài chính, Kiểm toán Nhà nước còn chỉ ra một số sai sót của chủ đầu tư trong quá trình triển khai dự án luồng hàng hải lớn nhất khu vực Đồng bằng sông Cửu Long.

Cụ thể, quyết định phê duyệt dự án chưa đầy đủ nội dung, chưa lường hết được mục tiêu, nội dung, quy mô, các hạng mục cần thiết phải đầu tư dẫn đến phải bổ sung, điều chỉnh tăng tổng mức đầu tư. Thậm chí sau khi dự án được điều chỉnh vẫn còn có những hạng mục phát sinh và phải tiếp tục trình Thủ tướng Chính phủ chấp thuận bổ sung.

Điều đáng nói là khi bổ sung, điều chỉnh Dự án, chủ đầu tư không thực hiện phê duyệt điều chỉnh bổ sung dự án, phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu theo quy định mà cho phép Ban quản lý dự án hàng hải ký phụ lục phát sinh hạng mục vào một số gói thầu đang thực hiện.

Trong quá trình thực hiện, chủ đầu tư cho phép nhà thầu chấm dứt hợp đồng gói thầu số 4A, 4C khi chưa rõ nguyên nhân để có biện pháp xử lý bảo đảm thực hiện hợp đồng. Hầu hết các gói thầu xây lắp đều chậm tiến độ so với cam kết, phải gia hạn nhiều lần nhưng các bên tham gia hợp đồng chưa đánh giá, xác định nguyên nhân và trách nhiệm của các bên để xem xét xử lý trách nhiệm.

Kiểm toán Nhà nước cho biết, tại Dự án này, chủ đầu tư không đăng ký kế hoạch vốn năm 2012 và năm 2013 theo chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ; thiếu trách nhiệm trong việc đề nghị bố trí kế hoạch vốn năm 2016, dẫn đến bố trí vượt nhu cầu và nhiệm vụ chi số tiền 1.585 tỷ đồng, gây lãng phí vốn.

Được biết, Dự án công trình Luồng cho tàu biển trọng tải lớn vào sông Hậu được xây dựng trên 5 xã thuộc huyện Duyên Hải và 3 xã thuộc huyện Trà Cú, tỉnh Trà Vinh  có tổng mức đầu tư khoảng 9.781 tỷ đồng từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ.

Dự án có mục tiêu xây dựng tuyến luồng cho tàu biển có trọng tải 10.000 tấn đầy tải, 20.000 tấn giảm tải ra vào các cảng trên sông Hậu. Công trình được khởi công từ năm 2009, thông luồng kỹ thuật vào tháng 1/2016.