Mặc dù VEC đã có nhiều biện pháp xử lý như ghi rõ biển số xe, ca làm việc trên thẻ đầu vào, thực hiện thu phí với chặng dài nhất..., nhưng tình trạng này vẫn tồn tại.
Để đảm bảo công tác thu phí tuyến cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình hiệu quả, hạn chế trường hợp gian lận, trốn phí, thu đúng, thu đủ và tránh thất thu, VEC đưa ra phương án xử lý và ban hành mức cước phí xe làm mất vé thẻ trên tuyến đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình.
Cụ thể, đối với trường hợp lái xe làm mất thẻ kiểm soát đường cao tốc; không xuất trình được thẻ kiểm soát đầu vào đường cao tốc tại các đầu ra sẽ phải bồi thường giá trị phát hành vé/thẻ là 200.000 đồng, cùng với cước phí phải trả bằng 2 lần mức cước phí theo mức ứng với lộ trình dài nhất trong biểu cước phí.
Cước phí cao tốc Cầu Giẽ- Ninh Bình hiện đang thu là 1.500 đồng/km/xe tiêu chuẩn. Như vậy, với quãng đường hơn 46km, mức phí cao nhất mà xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe container 40 feet nếu làm mất thẻ ra vào cao tốc là 560.000 đồng cùng với 200.000 đồng phí bồi thường giá trị phát hành thẻ là 760.000 đồng. Thấp nhất với xe con nếu làm mất thẻ là 340.000 đồng.
Trước đó, trên tuyến cao tốc Nội Bài- Lào Cai do tình trạng lái xe cố tình làm mất thẻ để gian lận cước, VEC cũng đã phải áp dụng mức phạt gấp 2 lần biểu cước phí dài nhất trên toàn tuyến.