Chuyện doanh nghiệp bị truy thu thuế lên tới tỷ đồng thời gian qua không hiếm, nhưng trong bối cảnh các đơn vị chắt chiu từng đồng, giảm tối đa chi phí để tồn tại thì khoản tiền phạt này khiến giới kinh doanh "không cam lòng", nhất là khi lỗi không thuộc về họ.

Sự kiện gây chú ý gần nhất là vụ truy thu thuế ở Công ty cổ phần Nhựa Bình Minh (Mã CK: BMP). Doanh nghiệp này bị truy thu và phạt 117,11 tỷ đồng, gồm 74,98 tỷ đồng truy thu thuế và hơn 42,13 tỷ đồng phạt vi phạm hành chính, đồng thời phải nộp chậm nhất 10 ngày sau khi có quyết định xử phạt.

Bà Nguyễn Thị Kim Yến, Thành viên Hội đồng quản trị kiêm Phó tổng giám đốc đã phản bác lại và cho rằng doanh nghiệp là "nạn nhân" của mớ bòng bong các văn bản chính sách.

“Chúng tôi không sai phạm mà do văn bản hướng dẫn về việc hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và niêm yết lần đầu giữa Cục Thuế TP HCM với Tổng cục Thuế không thống nhất nên mới dẫn đến tình trạng trên”, bà Yến nói.

Hiện công ty đã gửi văn bản kiến nghị lên Bộ Tài chính, Tổng cục thuế, Cục thuế TP HCM, SCIC nhưng vẫn chưa nhận được hồi đáp.

Hàng loạt công ty cũng dính vào vướng mắc ưu đãi thuế cho niêm yết lần đầu. Ngày 30/9, Công ty cổ phần Viglacera Từ Sơn (Mã CK: VTS) đã bị Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh ra quyết định truy thu và phạt chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2010 gần 3 tỷ đồng. Nguyên nhân chính do kê khai và nộp miễn giảm 50% theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về việc ưu đãi doanh nghiệp niêm yết trên thị trường chứng khoán giai đoạn 2004-2006 đã hết thời hạn.

Đầu tháng 9, Công ty cổ phần nước giải khát Chương Dương (Mã CK: SCD) nhận quyết định truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 6,9 tỷ đồng và phạt chậm nộp 3,27 tỷ đồng. Tới năm 2009 và 2010, công ty mới khai hưởng ưu đãi 50% thuế thu nhập doanh nghiệp cho trường hợp niêm yết vào năm 2006. Còn thời gian 2007, 2008, đơn vị này hưởng ưu đãi cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước. Không cam tâm với quyết định xử phạt của ngành thuế, công ty cho biết sẽ tiếp tục làm rõ vấn đề này và sớm có thông tin tới cổ đông, nhà đầu tư.

Tháng 3, Công ty cổ phần Kim khí TP HCM (HMC) bị truy thu 6,92 tỷ đồng, trong đó, hơn 2,5 triệu đồng là thuế giá trị gia tăng và 6,91 tỷ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp. Tổng Cục thuế không chấp nhận cho doanh nghiệp được hưởng ưu đãi 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong năm 2011 với lý do tương tự Nhựa Bình Minh, đó là chưa đăng ký hưởng thuế ưu đãi niêm yết lần đầu trước năm 2009. Tuy nhiên, quy định này lại ban hành vào năm 2011.

Không chỉ doanh nghiệp trong nước, quỹ ngoại cũng vướng phải tình trạng này. Công ty quản lý quỹ đầu tư Eastspring Investments bị truy thu 1,7 tỷ đồng cho năm tài chính 2010 và 2011. Ngoài ra, Eastspring Investments còn phải đóng thêm gần 793 triệu đồng tiền phạt do vi phạm hành chính về thuế.

Bà Lê Thị Thu Hương, Phó cục trưởng Cục thuế TP HCM cho biết Cục thuế đã xin ý kiến của Tổng cục thuế về những vướng mắc xung quanh vấn đề truy thu này, nhưng hiện vẫn chưa nhận được văn bản hướng dẫn. Nếu như Bộ Tài chính hoặc Tổng cục thuế chỉ đạo không truy thu nữa thì Cục thuế TP HCM sẽ điều chỉnh lại. Ngược lại, doanh nghiệp vẫn sẽ bị truy thu và nộp phạt như quy định.

Ngoài các đơn vị cổ phần hóa và quỹ đầu tư nước ngoài, việc truy thu thuế gắt gao với cả với những công ty Nhà nước, gần đây nhất là vụ truy thu đối với các doanh nghiệp xăng dầu.

Cụ thể, đầu tháng 6, 7 doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối nhận được văn bản của Tổng cục Hải quan (Bộ Tài chính) yêu cầu truy thu gần 350 tỷ đồng tiền thuế, trong đó Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex) là 170 tỷ đồng, Tổng công ty Dầu Việt Nam (PV Oil) 66 tỷ đồng, Xăng dầu Đồng Tháp (Petimex) 56,5 tỷ đồng, Lọc hóa dầu Nam Việt (NamViet Oil) 26 tỷ đồng, Xăng dầu quân đội 19,7 tỷ đồng và Công ty Vận tải Đường bộ Hải Hà 650 triệu đồng.

Tuy nhiên, các đơn vị này cho rằng mình bị oan. Nguyên nhân bắt nguồn từ sự thiếu đồng nhất về quy định thời điểm đăng ký kê khai và nộp thuế giữa văn bản 17060 ngày 7/12/2012 của Bộ Tài Chính và thông tư 194 có hiệu lực 20/1/2011. Vì sự mập mờ đó khiến doanh nghiệp phải bổ sung hàng trăm tỷ đồng tiền thuế cho năm 2012.

Mới đây, mặc dù Cục kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật (Bộ Tư pháp) đã có công văn gửi Bộ Tài chính khẳng định việc truy thu thuế với các doanh nghiệp nhập khẩu xăng dầu là “không có cơ sở pháp lý” và kiến nghị hủy bỏ công văn 17060. Tuy nhiên, Bộ Tài chính vẫn quyết định truy thu thuế đối với các đơn vị này.

Đánh giá về những trường hợp trên, Luật sư Trần Vũ Hải cho rằng câu chuyện này có thể xuất phát lỗi từ hai phía, một mặt cần thông cảm với cơ quan thuế do đang bị áp lực phải đạt chỉ tiêu ngân sách nên họ dùng mọi biện pháp để thu thuế. Bản thân doanh nghiệp cũng cần lưu ý xem việc xét miễn giảm hoặc hoàn thuế đúng luật chưa và đã thực hiện theo hướng dẫn của đơn vị nào trong ngành thuế hoặc Bộ Tài chính. Trường hợp làm đúng nhưng vẫn bị áp thu hoặc phạt, doanh nghiệp có thể khiếu nại hoặc khởi kiện ra tòa, luật sư Hải cho biết.

Theo ông, quyết định truy thu thuế cần tiến hành một cách thận trọng vì còn ảnh hưởng đến các cổ đông và niềm tin của nhà đầu tư nước ngoài về chính sách từ cơ quan. “Không thể có chuyện cơ quan cấp dưới làm khác cơ quan cấp trên, hoặc cơ quan cấp trên lại hướng dẫn trái luật. Nếu thực sự có vấn đề như vậy thì cần phải làm rõ và có biện pháp bảo đảm lợi ích cho các nhà đầu tư”, ông Hải nói.

Vị luật sư này kiến nghị, Nhà nước nên có thêm quy định trong các trường hợp không rõ ràng về luật, chính sách. “Nhầm lẫn và sai sót có thể đến từ nhiều phía với nhiều lý do, nhưng tôi nghĩ luật Việt Nam cần có cơ chế thỏa thuận. Ngay cả các tập đoàn lớn ở Mỹ khi bị truy thu thuế và cảm thấy không thỏa đáng cũng vẫn áp dụng phương án thỏa thuận nộp, như vậy mới cân bằng được giữa lợi ích Nhà nước và nhà đầu tư. Còn nếu phải kiện ra tòa, doanh nghiệp sẽ chịu rất nhiều tổn thất về chi phí và thời gian trong khi chưa chắc giành phần thắng”, ông Hải cho biết.

Hồng Châu - Tường Vi (Vnexpress)