Theo đánh giá của Hội đồng Quỹ Bảo trì đường bộ, sau hơn 2 năm thực hiện chính sách thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện đối với môtô có thể thấy rõ công tác thu phí rất khó khăn, hiệu quả rất thấp. Năm 2013 và 2014, số thu phí loại này chỉ đạt khoảng hơn 21% kế hoạch thu; 6 tháng đầu năm 2015 chỉ đạt 6,71% kế hoạch năm.

Nguyên nhân của tình trạng này, theo Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng, là do việc tổ chức thu ở cấp xã, phường chưa đồng bộ, chưa thống nhất từ khâu quản lý số lượng xe mô tô trên địa bàn đến việc tổ chức thu và nộp vào ngân sách. Chế tài xử phạt được quy định tại Điều 11, Thông tư số 133/2014/TT-BTC ngày 11/9/2014 của Bộ Tài chính chưa khả thi, khó kiểm soát vì thẩm quyền xử phạt không phải do cơ quan công an mà do cơ quan thuế, thanh tra Sở chuyên ngành, Uỷ ban nhân dân các cấp thực hiện. Do vậy, sau một năm đầu tiên thực hiện đóng phí nhiều chủ phương tiện không tiếp tục thực hiện nghĩa vụ nộp phí sử dụng đường bộ  cho các năm tiếp theo.

Cùng với đó, công tác tuyên truyền, vận động nhân dân thực hiện nghĩa vụ còn hạn chế, chưa quy định rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân thực hiện công tác thu phí. Hiện nay, việc thu phí phụ thuộc chủ yếu vào ý thức tự giác của người dân, tuy nhiên ý thức của một bộ phận người dân trong việc chấp hành nghĩa vụ nộp phí sử dụng đường bộ  chưa cao, việc triển khai thu phí tại các địa bàn vùng sâu, vùng xa còn khó khăn. Có sự di chuyển của một bộ phận lớn người dân làm việc và học tập ngoài tỉnh, mang theo xe máy nên có sự chênh lệch giữa kê khai thực tế và số liệu đăng ký trên địa bàn, dẫn đến khâu lập kế hoạch thu chưa chính xác.

Trên cơ sở các đánh giá nêu trên, mặc dù một số địa phương có báo cáo vẫn đề nghị tiếp tục thu phí, tuy nhiên Quỹ Bảo trì đường bộ Trung ương nhận thấy số thu phí sử dụng đường bộ trên đầu phương tiện đối với mô tô còn rất thấp, biện pháp tổ chức thu không hiệu quả, chế tài xử phạt khó thực hiện nên việc kiểm soát phương tiện chấp hành đóng phí chưa nghiêm, nên việc thu phí mang lại hiệu quả thấp, người dân chưa tự giác đóng phí mặc dù mức thu rất thấp (trung bình 70.000đ/xe/năm).

Bên cạnh đó, có địa phương thực hiện thu, nhưng cũng có địa phương lại chưa thu hoặc dừng thu (như Thành phố Hồ Chí Minh, Đà Nẵng, Khánh Hòa...) tạo nên sự không công bằng và tạo dư luận không tốt trong xã hội.

"Do đó, trong khi chờ sửa đổi các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến thu phí sử dụng đường bộ đối với mô tô, Quỹ Bảo trì đường bộ Trung ương kính trình Thủ tướng Chính phủ cho phép tạm thời dừng thu phí sử dụng đường bộ đối với mô tô từ ngày 01/01/2016", Bộ trưởng Thăng đề xuất.

Bộ GTVT cho biết là sẽ phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan khác có liên quan nghiên cứu, điều chỉnh sửa đổi Nghị định số 18/2012/NĐ-CP về Quỹ Bảo trì đường bộ theo hướng bỏ thu phí sử dụng đường bộ đối với mô tô và báo cáo Thủ tướng Chính phủ ngay trong năm nay.