Việc thanh toán đối với hợp đồng trọn gói được thực hiện nhiều lần trong quá trình thực hiện hoặc thanh toán một lần khi hoàn thành hợp đồng. Tổng số tiền mà nhà thầu được thanh toán cho đến khi hoàn thành các nghĩa vụ theo hợp đồng bằng đúng giá ghi trong hợp đồng.

Đối với gói thầu xây lắp, trong quá trình thương thảo, hoàn thiện hợp đồng, các bên liên quan cần rà soát lại bảng khối lượng công việc theo thiết kế được duyệt; nếu nhà thầu hoặc bên mời thầu phát hiện bảng số lượng, khối lượng công việc chưa chính xác so với thiết kế, bên mời thầu báo cáo chủ đầu tư xem xét, quyết định việc điều chỉnh khối lượng công việc để bảo đảm phù hợp với thiết kế.

Theo đó, trường hợp gói thầu áp dụng loại hợp đồng trọn gói thì việc thanh toán cho nhà thầu phải tuân thủ quy định nêu trên.