Trước đó, tại công văn số 100/TTg-CN ngày 20/12/2018 Thủ tướng Chính phủ đồng ý cho triển khai phương án giữ nguyên Trạm thu phí Cai Lậy như hiện nay và thực hiện giảm giá vé. Thủ tướng Chính phủ yêu cầu phương án mới phải đảm bảo mục tiêu miễn, giảm giá vé cho nhân dân khu vực lân cận trạm thu phí; tổ chức phân luồng giao thông để đáp ứng yêu cầu chống ùn tắc, ô nhiễm môi trường trung tâm thị xã Cai Lậy; đảm bảo hài hoà lợi ích chung của người dân, nhà nước và nhà đầu tư.

Theo đó, phương án do Bộ Giao thông vận tải đưa ra có các mức giá vé mới. Cụ thể, nhóm phương tiện loại một (xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn, các loại xe buýt) xuống 15.000 đồng/lượt, giảm 57% so với mức trước đây là 35.000 đồng/lượt. Mức giá vé lượt, vé tháng và quý áp dụng cho các nhóm phương tiện khác cũng giảm từ 40 - 60% so với trước và mở rộng phạm vi miễn, giảm giá vùng lân cận lên đến 10 km.  Sau khi điều chỉnh phương án tài chính, thời gian thu phí của dự án là khoảng 15 năm 9 tháng, trong khi phương án thu phí trước đây chỉ hơn 6 năm. Với phương án mới, Trạm thu phí BOT Cai Lậy cũng sẽ triển khai công nghệ thu tự động không dừng và một dừng. Công tác tổ chức giao thông sẽ phân luồng các phương tiện xe tải, xe khách không đi vào trung tâm thị xã Cai Lậy.

Đại diện Bộ Giao thông vân tải cho biết quá trình nghiên cứu, đề xuất phương án xử lý Bộ đã rà soát, tính toán lại toàn bộ chi phí đầu tư Dự án, có cập nhật kết luận của Thanh tra, Kiểm toán. Sau khi lấy ý kiến địa phương để hoàn chỉnh Bộ Giao thông vận tải báo cáo Thủ tướng Chính phủ 5 phương án xử lý. Ngày 20/12/2018, Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo triển khai theo phương án giữ nguyên trạm thu phí Cai Lậy như hiện nay. 

Tại cuộc họp, đại diện phía chủ đầu tư, ông Phạm Văn Cường, Phó giám đốc Công ty TNHH Đầu tư Quốc lộ 1 Tiền Giang cũng trao đổi thẳng thắn nhiều vấn đề nóng về BOT Cai Lậy. Giải thích lý do đặt trạm thu phí trên Quốc lộ 1, ông Cường cho biết việc chọn vị trí đặt trạm thu phí Cai Lậy thực hiện đúng các thủ tục về mặt pháp lý. Cụ thể, vào thời điểm tháng 10/2013, Bộ Giao thông vận tải đã có các văn bản gửi Đoàn Đại biểu Quốc hội, Hội đồng Nhân dân và Uỷ ban Nhân dân tỉnh Tiền Giang xin thống nhất chủ trương vị trí đặt trạm thu phí để có cơ sở hoàn vốn cho Dự án. Sau đó vào các ngày 4/11 - 6/11/2013, Đoàn Đại biểu Quốc hội, Hội đồng Nhân dân và Uỷ ban Nhân dân tỉnh Tiền Giang có các văn bản thống nhất ý kiến của Bộ Giao thông vận tải về vị trí đặt trạm trên Quốc lộ 1 (Km1999+900 xã Phú An, thị xã Cai Lậy). Sau khi đồng thuận từ phía địa phương, ngày 11/11/2013 Thủ tướng Chính phủ ra văn bản gửi Bộ Giao thông vận tải đồng ý chủ trương xây dựng tuyến trành Quốc lộ 1 qua thị xã Cai Lậy bằng hình thức BOT.

Về phương diện đầu tư, ông Cường cho biết chủ trương đầu tư xây dựng tuyến tránh thị xã Cai Lậy là cần thiết và cấp bách nhằm giải toả áp lực ùn tắc và giảm thiểu tai nạn giao thông thị xã Cai Lậy. Trước đó, khu vực này là điểm đen giao thông vì luôn ùn tắc và tai nạn giao thông rất nhiều mà chưa có phương án khắc phục. Dự á có tổng mức đầu tư khoảng 1.300 tỷ đồng bao gồm các chi phí giải phóng mặt bằng, xây lắp, lãi vay ngân hàng và chi phí dự phòng. Trong đó, đầu tư tuyến tránh hơn 700 tỷ đồng, sửa chữa tăng cường mặt đường và tăng cường nâng cấp cầu trên Quốc lộ 1 là gần 400 tỷ đồng. Nếu đặt trạm thu phí trên tuyến tránh với cự ly 2 cung đường không chênh lệch nhiều thì sẽ không có xe nào chịu lưu thông qua tuyến tránh để đóng phí dẫn tới ý nghĩa của tuyến tránh sẽ không còn và áp lực giao thông vẫn dồn lên thị xã Cai Lậy.

Hơn nữa nếu đặt trạm thu phí trên tuyến tránh thì phương án hoàn vốn trên 20 năm. Với nguồn vốn vay trung hạn của các ngân hàng là bất khả thi vì không ngân hàng nào cho vay với thời hạn dài như vậy và đồng nghĩa Dự án xem như phá sản. Vì các lý do trên, sau khi các cơ quan Nhà nước như Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính, Đoàn Đại biểu Quốc hội, Hội đồng Nhân dân và Uỷ ban Nhân dân tỉnh Tiền Giang cho phép vị trí đặt trạm thu phí được chọn trên Quốc lộ 1 nhằm rút ngắn thời hạn thu phí, hoàn vốn còn 6 năm 4 tháng để nhà đầu tư có cơ sở thực hiện Dự án.

Dự kiến Trạm thu phí BOT Cai Lậy bắt đầu thu phí trong tháng 3/2019.