Theo đó, sẽ không áp dụng các chính sách ưu đãi cho các khu kinh tế được hình thành ở khu vực biên giới đất liền có cửa khẩu quốc tế hoặc cửa khẩu chính, cửa khẩu song phương, gồm: Chính sách đầu tư và tín dụng; Chính sách ưu đãi về thuế TNDN, thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; ưu đãi về tiền thuê đất, thuê mặt nước, tiền sử dụng đất; Chính sách phí, lệ phí liên quan đến hoạt động quản lý nhà nước của Ban quản lý khu kinh tế cửa khẩu. 

Còn đối với các dự án đang được hưởng chính sách ưu đãi được ghi trong Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư,…theo Quyết định 72/2013 thì được tiếp tục hưởng các ưu đãi đó cho thời gian còn lại của dự án. Trường hợp văn bản quy phạm pháp luật mới quy định mức ưu đãi cao hơn thì được lựa chọn hưởng chính sách ưu đãi cao hơn cho thời gian còn lại của dự án.

Trước đó, theo Quyết định 72/2013, không đánh thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ từ khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu xuất khẩu ra nước ngoài. Hàng hóa, dịch vụ từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu và hàng hóa, dịch vụ từ nội địa Việt Nam xuất khẩu vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT là 0%.

Theo Quyết định 01/2018/QĐ-TTg, các dự án đầu tư trong khu kinh tế cửa khẩu sẽ không được miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/205 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước và Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 142.

Các nhà đầu tư trong nước và nước ngoài đầu tư và Khu kinh tế cửa khẩu sẽ không còn được giảm 70% tiền thuê đất, thuê mặt nước tính theo đơn giá thuê đất, thuê mặt nước áp dụng tại huyện có mức giá thuê đất, thuê mặt nước thấp nhất trong địa bàn tỉnh theo quy định của UBND tỉnh.

Cùng với đó, nhà đầu tư có nhu cầu sử dụng đất trong khu kinh tế cửa khẩu làm mặt bằng sản xuất kinh doanh sẽ không còn được miễn, giảm tiền sử dụng đất như trước.