Hợp tác giữa Ủy ban chứng khoán và Tổng cục Thuế nhằm mục đích tạo thuận lợi cho việc phối hợp giữa 2 cơ quan này trong công tác quản lý giám sát việc chấp hành pháp luật về chứng khoán và pháp luật về thuế của các tổ chức, cá nhân trên thị trường chứng khoán.

Theo đó, 2 cơ quan có thể sử dụng nguồn lực sẵn có của nhau để phối hợp kiểm tra, xác minh các thông tin do doanh nghiệp là công ty đại chúng kê khai, công bố, làm rõ thực trạng hoạt động doanh nghiệp, hỗ trợ xác định chính xác nghĩa vụ của doanh nghiệp với Nhà nước. Hoạt động này cũng nhằm đảm bảo tính công khai, minh bạch và quyền, lợi ích hợp pháp của cổ đông, nhà đầu tư trên thị trường chứng khoán.

Cụ thể, Ủy ban chứng khoán và và hai Sở giao dịch được sử dụng các thông tin do Tổng cục Thuế cung cấp gồm thông tin đăng ký thuế; thông tin về hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; danh sách doanh nghiệp rủi ro cao hoặc có dấu hiệu rủi ro về thuế.

Các cơ quan ngành chứng khoán cũng được tiếp cận các báo cáo tài chính của doanh nghiệp gửi cơ quan thuế; kết quả xử lý vi phạm qua thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế; thông tin quyết định cưỡng chế nợ thuế... để rà soát, đối chiếu lại với các thông tin do các công ty đại chúng công bố để có đánh giá việc chấp hành pháp luật chứng khoán, phát hiện những doanh nghiệp có dấu hiệu bất thường, vi phạm pháp luật.

Ngược lại Tổng cục Thuế cũng được sử dụng các thông tin do Ủy ban chứng khoán cung cấp để rà soát, đối chiếu với thông tin kê khai nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp, xác minh làm rõ những dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, xử lý nghiêm, răn đe các hành vi vi phạm.