Theo đó, Cục Hải quan được thành lập khi địa bàn dự kiến quản lý phải đáp ứng 2 trong 3 tiêu chí sau: Một là, có số lượng kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu lớn hơn 30% trung bình cộng kim ngạch xuất khẩu và nhập khẩu của cả nước hoặc trung bình cộng kim ngạch xuất khẩu và nhập khẩu của cả nước (không bao gồm địa bàn quản lý của Cục Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh và Cục Hải quan thành phố Hải Phòng) trong năm trước năm đề nghị; Hai là, có một trong các cửa khẩu quốc tế đường bộ, hàng không dân dụng hoặc cảng biển quan trọng của quốc gia; Ba là, có Khu công nghiệp hoặc Khu kinh tế.

Nghị định nêu rõ trong trường hợp đặc biệt để đáp ứng yêu cầu quản lý, bảo vệ chủ quyền quốc gia và an ninh kinh tế - xã hội tại các địa bàn có đường biên giới dài, địa hình phức tạp hoặc tạo thuận lợi cho đầu tư phát triển kinh tế - xã hội tại các khu vực trọng điểm của đất nước thì việc thành lập Cục Hải quan do Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.

Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập và tổ chức lại Cục Hải quan. Bộ Nội vụ sẽ thẩm định việc thành lập Cục Hải quan theo quy định của pháp luật.

Ngoài ra, Nghị định cũng quy định rõ về tổ chức, nhiệm vụ và hoạt động của Hải quan các cấp. Theo quy định, cơ cấu tổ chức của Tổng cục Hải quan gồm: Một là, Văn phòng, Vụ, Cục và các đơn vị sự nghiệp công lập; Hai là, các Cục Hải quan.

Tổng cục Hải quan có nhiệm vụ trình Bộ trưởng Bộ Tài chính để trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ hoặc cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định các dự án luật, dự án pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của Quốc hội; trình Bộ trưởng Bộ Tài chính xem xét, quyết định về dự thảo thông tư, quyết định, chỉ thị và các văn bản khác về hải quan; ban hành theo thẩm quyền các văn bản hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ; văn bản theo quy định của pháp luật thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục Hải quan; tổ chức thực hiện thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh...

Cục Hải quan có nhiệm vụ tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn, triển khai các đơn vị thuộc và trực thuộc thực hiện các quy định của pháp luật về hải quan trên địa bàn, gồm: Thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, chuyển cửa khẩu...; áp dụng các biện pháp nghiệp vụ cần thiết để chủ động phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa và các chất ma túy qua biên giới trong phạm vi địa bàn hoạt động...