Trước đó, Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn tại cuộc họp báo thường kỳ tháng 4/2015 đã cho hay, năm 2014, cơ quan thuế đã tiến hành thanh tra Honda Việt Nam. Kết quả, cơ quan thuế đã truy thu, yêu cầu nộp bổ sung và phạt doanh nghiệp này gần 400 tỉ đồng, trong đó chủ yếu là thuế thu nhập doanh nghiệp. Tuy nhiên, tính đến nay Honda Việt Nam mới nộp ngân sách 182 tỉ đồng. Số tiền truy thu và phạt mà Honda Việt Nam còn phải nộp là khoảng 200 tỉ đồng nữa. 

Lý do khiến doanh nghiệp không nộp khoản truy thu thuế này được cho là bởi cơ quan thuế và Honda Việt Nam vẫn đang tranh luận về thời điểm bắt đầu áp dụng ưu đãi thuế cho Honda Việt Nam căn cứ trên giấy phép đầu tư của liên doanh này. Năm 1998, doanh nghiệp này bán ra thị trường những chiếc xe máy Super Dream đầu tiên được liên doanh này nhập khẩu linh kiện CKD và lắp ráp, nên theo Honda Việt Nam, thời điểm tính ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp phải từ thời điểm này đến năm 2013.

Trong lập luận của mình, Bộ Tài chính cho biết, năm 1997, Honda Việt Nam có quota nhập khẩu 2.000 bộ linh kiện CKD xe Dream từ Thái Lan để lắp ráp dòng xe máy này chuẩn bị bán ra thị trường nên phải tính thời điểm ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 1997, điều đó có nghĩa thời gian ưu đãi thuế của Honda Việt Nam phải kết thúc từ năm 2012.

Đại diện Honda Việt Nam cho hay, việc nhập 2.000 bộ linh kiện xe Dream là để phục vụ công tác đào tạo, huấn luyện công nhân của liên doanh nên Bộ Tài chính không thể áp dụng thời điểm ưu đãi tính thuế từ năm 1997 mà phải là từ năm 1998.

Bởi thời gian bắt đầu tính thuế thu nhập doanh nghiệp khác nhau nên xảy ra tranh cãi về khoản thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế giá trị gia tăng mà Honda Việt Nam phải nộp trong năm 2013.

Trả lời câu hỏi nếu Chính phủ quyết Honda Việt Nam phải nộp bổ sung thuế như Bộ Tài chính đưa ra, sẽ ảnh hưởng thế nào tới công ty, ông Minoru Kato, Tổng giám đốc Honda Việt Nam cho hay, chắc chắn là sẽ ảnh hưởng đến hoạt động của Công ty,  nhưng Công ty sẽ tuân thủ quyết định cuối cùng của Chính phủ.

Được biết, câu chuyện thời điểm bắt đầu tính thuế thu nhập doanh nghiệp của Honda Việt Nam có liên quan đến những hướng dẫn cụ thể trước đó của phía địa phương là tỉnh Vĩnh Phúc, Hiệp hội doanh nghiệp Nhật Bản cũng đã có ý kiến thẳng thắn cho rằng, với nhà đầu tư, cam kết của chính quyền địa phương hay Trung ương đều là của phía Việt Nam và cần phải tôn trọng cam kết. Còn lỗi đưa ra các hướng dẫn không hợp quy định và do khác nhau giữa nội bộ các cơ quan khác cấp của Việt Nam thì nên xử lý nội bộ, bởi nhà đầu tư chỉ biết hỏi và khi cơ quan chức năng hướng dẫn thì làm theo.

Về phía mình, một lãnh đạo Bộ Tài chính đã cho hay, bộ này sẽ có biện pháp cần thiết, nghiêm minh để buộc Honda Việt Nam phải thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước. 

Dẫu vậy thì thời điểm ngày 22/5, đại diện Honda Việt Nam cũng cho hay, chưa nhận được thông tin gì về kiến nghị của mình từ các cấp cao hơn Bộ Tài chính.