Công văn 33557/BTC-TCT gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, khẳng định nhằm đảm bảo quản lý chi hoàn thuế GTGT chặt chẽ, đúng quy định của pháp luật, Bộ Tài chính hướng dẫn: việc tiếp nhận, phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT, cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Thông tư 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Trường hợp trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, pháp luật hải quan hoặc trường hợp nếu người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế thay đổi áp dụng hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đang thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế sau...

Cũng theo hướng dẫn mới của Bộ Tài chính, Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về Quyết định hoàn thuế và tổ chức thực hiện việc giải quyết hoàn thuế theo đúng trách nhiệm, thẩm quyền quy định Khoản 3 Điều 58 Thông tư 156/2013/TT-BTC và Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế.

Để thực hiện quy định tại khoản 3 Điều 23 Thông tư 204/2015/TT-BTC về quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT, Bộ Tài chính hướng dẫn, Cục Thuế phải cập nhật đầy đủ tờ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn thuế và các thông tin liên quan đến quá trình giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế, đồng thời gửi danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT về Tổng cục Thuế qua: HoanthueTCT@gdt.gov.vn.

Kể từ thời điểm nhận được danh sách đề nghị phê duyệt Quyết định hoàn thuế GTGT của Cục Thuế, Tổng cục Thuế có trách nhiệm giám sát, kiểm tra hồ sơ giải quyết hoàn thuế trên Hệ thống quản lý thuế của ngành thuế (TMS, TTR) theo quy định. Trường hợp Cục Thuế đã thực hiện đầy đủ, đúng quy định, trong thời gian không quá 6 giờ làm việc, Tổng cục Thuế thông báo kết quả giám sát hoàn thuế GTGT tới Cục Thuế qua hệ thống thư điện tử. Căn cứ kết quả thông báo của Tổng cục Thuế, Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế và tự động cập nhật hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế...

Bộ Tài chính cũng hướng dẫn, căn cứ kế hoạch thanh tra, kiểm tra của từng Cục Thuế, Tổng cục Thuế có trách nhiệm giao cụ thể chỉ tiêu kế hoạch thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau đảm bảo theo đúng quy định tại Điều 23 Thông tư 204/2015/TT-BTC và theo đúng quy định của pháp luật.