Theo Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn, hiện kinh phí này trên tài khoản hoàn thuế là 3.800 tỷ đồng. Tuy nhiên, có hiện tượng tỉnh thừa tỉnh thiếu.

“Hiện nay, TP.HCM chỉ còn 92 tỷ đồng trong quỹ hoàn thuế, nhưng Hà Tĩnh số dư tài khoản quỹ này lại còn trên 1.100 tỷ đồng dẫn tới tình trạng dư luận có lúc cho rằng quỹ hoàn thuế không còn để xử lý hoàn thuế”, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn cho biết.

Trong 2 tháng đầu năm 2016, số lượng hồ sơ doanh nghiệp gửi đến cơ quan Thuế để hoàn cơ bản được giải quyết hết với 3.100 hồ sơ hoàn thuế trên tổng số 13.000 tỷ hoàn thuế. Trong đó, 52% là hoàn thuế trước kiểm tra sau, 48% thực hiện kiểm tra trước, và hoàn thuế sau. Số doanh nghiệp bị chậm hoàn là 287 hồ sơ.

Tuy nhiên, theo Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn, cũng cần phải nói rõ có cả nguyên nhân khách quan và chủ quan trong việc chậm hoàn cho tổng số 287 doanh nghiệp nói trên. Trong đó, số doanh nghiệp nợ ngân sách nhà nước và ngân sách nhà nước cũng cần phải hoàn thuế cho doanh nghiệp. Nhưng trên thực tế do chúng ta chưa ban hành quy định cho bù trừ, quy định hiện tại vẫn yêu cầu doanh nghiệp phải nộp hết tiền nợ thuế mới thực hiện hoàn. Hiện có khoảng 20 doanh nghiệp trong trường hợp này. Bộ Tài chính đang gấp rút sửa đổi quy định này và sẽ sửa ngay trong tháng 3-2016 về quy định thực hiện bù trừ.

Bên cạnh đó, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn cũng chỉ ra nguyên nhân khách quan. Theo đó, trong 287 trường hợp doanh nghiệp bị chậm hoàn thuế, cơ bản hồ sơ hoàn thuế của các doanh nghiệp này không đảm bảo các quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Thứ trưởng đưa ra ví dụ như: doanh nghiệp mua hàng hóa của doanh nghiệp không có thực, doanh nghiệp không còn hoạt động sản xuất kinh doanh đã phá sản hoặc giải thể, doanh nghiệp bị đóng MST hoặc không được sử dụng chứng từ. Nói cách khác hồ sơ, chứng từ, sổ sách, hóa đơn mua bán, hợp đồng… của các doanh nghiệp này không hợp lệ và không đủ điều kiện đáp ứng yêu cầu hoàn thuế.

Bên cạnh đó, doanh nghiệp không thanh toán qua ngân hàng, hồ sơ hoàn thuế đó đang bị cơ quan điều tra điều tra thì chưa thể hoàn, đợi khi có kết luận điều tra mới được hoàn.

Như vậy, các nguyên nhân trên là do doanh nghiệp chưa tuân thủ đúng quy định của pháp luật về thuế thì cơ quan Thuế không thể hoàn.

Để tạo điều kiện thuận lợi nhất cho doanh nghiệp hoạt động, hiện nay Bộ Tài chính đang gấp rút sửa đổi một số quy định không còn phù hợp. Cụ thể, đối với doanh nghiệp nợ ngân sách nhà nước và ngân sách nhà nước cũng cần phải hoàn thuế cho doanh nghiệp thì theo quy định hiện hành, doanh nghiệp phải khắc phục bằng cách nộp phạt thì cơ quan thuế mới hoàn thuế cho doanh nghiệp.

“Trong thời gian ngắn tới, Bộ Tài chính sẽ sửa chính sách để hạch toán bù trừ cho nhau. Có thể nói, lỗi này do chính sách chưa đồng bộ và cần phải sửa đổi chính sách đó. Chúng tôi cam kết sửa trong thời gian nhanh nhất”, Thứ trưởng Đỗ Hoàng Anh Tuấn thông tin.

Đồng thời, để điều hòa linh hoạt hơn quỹ hoàn thuế, Bộ Tài chính sẽ sửa quy định không giao hạn mức cho từng địa phương mà là dự toán cho toàn Tổng cục thuế, đảm bảo không có nơi thừa nơi thiếu.

Theo Nghị quyết 19 của Chính phủ đã đặt ra 3 yêu cầu thực hiện trong năm 2016 là cải cách và điện tử hóa khâu hoàn thuế; Thanh tra kiểm tra phải theo nguyên tắc quản lý rủi ro; Xây dựng cơ sở dữ liệu người nộp thuế. Trên cơ sở đó theo quy định của pháp luật, những doanh nghiệp nào có dấu hiệu rủi ro, vi phạm pháp luật thì mới thực hiện thanh tra kiểm tra, đảm bảo doanh nghiệp thực hiện tốt không phải thanh tra kiểm tra. Bộ Tài chính luôn xác định phải làm tốt công tác giải quyết vướng mắc khó khăn cho doanh nghiệp, những phản ảnh của doanh nghiệp phải được trả lời kịp thời và công khai.