Theo UBND tỉnh Phú Yên, thời gian qua, công tác bảo vệ môi trường tại các khu công nghiệp (KCN) trên địa bàn tỉnh luôn được quan tâm, chú trọng. Tại các KCN đang hoạt động đều có trạm xử lý nước thải tập trung đã đi vào hoạt động và xử lý đạt quy chuẩn môi trường (riêng tại KCN Hòa Hiệp 2, hệ thống xử lý nước thải được các nhà đầu tư tự đầu tư đạt quy chuẩn môi trường theo quy định).
Việc kiểm tra, giám sát chất lượng môi trường nước trước khi xả thải ra môi trường tại Trạm xử lý nước thải tập trung tại các KCN đều được đầu tư lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động, liên tục. Hiện các hệ thống này tại các KCN đều đang hoạt động ổn định, dữ liệu về kết quả quan trắc các chỉ số nước thải đầu ra (lưu lượng nước thải, TSS, COD, pH, nhiệt độ) được truyền trực tiếp về Sở Tài nguyên và Môi trường để theo dõi, giám sát.
Riêng khí thải tại các dự án trong KCN do nhà đầu tư tự đầu tư hệ thống xử lý theo hồ sơ báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt, đảm bảo xử lý đạt quy chuẩn trước khi thải ra môi trường.
Còn chất thải rắn thông thường gồm chất thải rắn sinh hoạt và một phần chất thải rắn công nghiệp tại KCN An Phú, KCN Hòa Hiệp I, KCN Hoà Hiệp 2 do Trung tâm Dịch vụ công ích (đơn vị sự nghiệp thuộc Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Yên) định kỳ thu gom và vận chuyển đến bãi chôn lấp Thọ Vức, thành phố Tuy Hòa để xử lý hợp vệ sinh. Riêng chất thải rắn tại KCN Đông Bắc Sông Cầu - KV1 do Đội Quản lý trật tự xây dựng và vệ sinh môi trường thị xã Sông Cầu thu gom, vận chuyển và xử lý tại bãi chôn lấp của thị xã Sông Cầu.
Theo UBND tỉnh, chất thải nguy hại phát sinh tại các dự án trong KCN do nhà đầu tư tự thu gom và ký hợp đồng với đơn vị chức năng thu gom, xử lý theo quy định.
Công tác chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các doanh nghiệp đang hoạt động tại các KCN thường xuyên được kiểm tra, giám sát. Kết quả cho thấy, các doanh nghiệp tại các KCN đa số đều thực hiện tốt các quy định của Luật Bảo vệ môi trường cụ thể, như xây dựng đầy đủ các công trình xử lý nước thải, khí thải, công trình thu gom chất thải rắn, thực hiện công tác báo cáo giám sát định kỳ đúng quy định.