Tạ Hội trường, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cho rằng, thực tiễn hoạt động thời gian qua cho thấy cơ cấu Chính phủ nhiệm kỳ 2011-2016 vẫn phù hợp. Hội nghị TƯ 7 khoá 11 cũng đã có Nghị quyết về vấn đề này, Bộ Chính trị, Trung ương Đảng sau đó thống nhất chỉ đạo, trước mắt giữ tổ chức Chính phủ ổn định như hiện nay.

Trên cơ sở đó, Thủ tướng đề nghị Quốc hội cho giữ nguyên tổ chức của Chính phủ trong khoá XIV như mô hình hiện nay với 22 Bộ và cơ quan ngang bộ.

Theo đó, có 18 bộ là: Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Ngoại giao, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp, Bộ Kế hoạch & Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Công thương, Bộ Nông nghiệp và  Phát triển nông thôn, Bộ Giao thông – Vận tải, Bộ Xây dựng, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Thông tin và Truyền thông, Bộ Lao động, Thương binh và  Xã hội, Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Y tế.

4 cơ quan ngang bộ gồm: Uỷ ban Dân tộc, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Thanh tra Chính phủ, Văn phòng Chính phủ.

Báo cáo thẩm tra do Chủ nhiệm UB Pháp luật Nguyễn Khắc Định trình bày ngay sau Báo cáo của Chính phủ đã  nhận định, cơ cấu tổ chức Chính phủ đã được thực hiện ổn định từ nhiệm kỳ Quốc hội XII đến nay. Chính phủ đã thực hiện việc điều hành vĩ mô hiệu quả, cơ bản phù hợp với bối cảnh có nhiều khó khăn, thách thức.

Tuy nhiên, vẫn có một số ý kiến cho rằng, trong nhiều công việc, Chính phủ vẫn chưa phân công rõ về trách nhiệm của các Bộ, ngành, cơ quan nên khi xảy ra hậu quả xấu, khó xác định cơ quan chịu trách nhiệm chính. Mô hình tổ chức các cơ quan bên trong các bộ chưa thống nhất. Việc tổ chức bộ đa ngành, đa lĩnh vực cũng khiến cơ cấu bộ máy một số bộ quá lớn, việc cải cách hành chính, tinh giản biên chế thực hiện chưa hiệu quả.

Theo Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật,  ác quy định của Hiến pháp 2013, Luật Tổ chức Chính phủ 2015, chủ trương của Trung ương Đảng đều yêu cầu giữ cơ bản ổn định cơ cấu tổ chức Chính phủ với mô hình bộ quản lý đa ngành, đa lĩnh vực, trước mắt giữ ổn định tổ chức như hiện nay để Chính phủ tiếp tục thực hiện bao quát hoạt động quản lý trên các lĩnh vực. Từ đó, cơ quan thẩm tra nhất trí với đề xuất giữ cơ cấu Chính phủ như hiệm kỳ vừa qua. Sự chồng chéo, những hạn chế, tồn tại sẽ được khắc phục qua việc sửa đổi một số nghị định của Chính phủ.

Thứ ba, ngày 26/7/2016, Quốc hội làm việc tại hội trường. Buổi sáng, Quốc hội xem xét, quyết định về cơ cấu tổ chức của Chính phủ và thảo luận ở Đoàn về dự kiến nhân sự bầu Thủ tướng Chính phủ; thảo luận về dự kiến điều chỉnh Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh năm 2016 và Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh năm 2017.

Buổi chiều, Quốc hội bầu Thủ tướng Chính phủ và nghe Thủ tướng Chính phủ tuyên thệ; thảo luận ở Đoàn về dự kiến nhân sự bầu Phó Chủ tịch nước, Chánh án Tòa án nhân dân tối cao, Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao.