Nhằm giảm thiểu các loại phí, lệ phí chồng chéo, không hợp lý trong công tác thú y, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã chỉ đạo các đơn vị liên quan của Bộ phối hợp với đơn vị chức năng của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn rà soát các khoản phí và lệ phí quy định tại Thông tư số 04/2012/TT-BTC ngày 5/1/2012 về phí, lệ phí trong công tác thú y, nhằm giảm thủ tục hành chính.

Qua quá trình rà soát, Bộ Tài chính thấy rằng, theo một số quy định chuyên ngành trong lĩnh vực thú y thì có một số hoạt động chuyên môn thực hiện lặp đi lặp lại ở nhiều khâu. Ví dụ: Vệ sinh, tiêu độc phương tiện vận chuyển; niêm phong phương tiện vận chuyển; cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật,… Vì vậy, khi thực hiện lặp lại các công việc này ở các khâu khác nhau thì cũng đề xuất thu các khoản phí, lệ phí tương ứng. Dẫn đến, có sự trùng lặp, cần phải sửa đổi để cải cách thủ tục hành chính.

Căn cứ trên cơ sở rà soát và đề xuất của Bộ NN&PTNT, Bộ Tài chính quyết định bãi bỏ một số nội dung tại Thông tư số 04/2012/TT-BTC. Theo đó, bãi bỏ và sửa  đổi 14 khoản thu (bãi bỏ 13 khoản, sửa đổi 1 khoản) liên quan đến cấp giấy phép có thu lệ phí và 21 khoản thu phí thú y ở các khâu khác nhau.