Đối với công tác quản lý trong nội bộ ngành Hải quan, việc đẩy mạnh ứng dụng CNTT cũng giúp tiết giảm đáng kể chi phí quản lý hành chính. Điển hình như công tác quản lý thu thuế, trước khi ứng dụng CNTT phục vụ công tác lưu giữ, chứng từ, sổ sách nộp thuế, các đơn vị Hải quan phải sử dụng khoảng 30.000 quyển sổ (sổ thanh toán đối tượng nộp thuế) để theo dõi nợ thuế của doanh nghiệp, đó là chưa kể đến các loại sổ chi tiết, tổng hợp tài khoản các báo cáo kế toán bằng giấy... Nhưng sau khi chuyển sang lưu giữ toàn bộ ở dạng điện tử đã loại bỏ được số lượng sổ sách đồ sộ này.

Có thể nói, công tác ứng dụng CNTT trong lĩnh vực Hải quan đã được triển khai ở cả bề rộng lẫn chiều sâu, tạo thuận lợi cho cả cộng đồng doanh nghiệp lẫn công tác quản lý của cơ quan Hải quan, tạo ra những bước đột phá về cải cách thủ tục hành chính.

Góp phần quan trọng nhất vào việc xây dựng, vận hành hệ thống CNTT đồ sộ của ngành Hải quan cả về quy mô máy móc, trang thiết bị, cũng như cơ sở dữ liệu như đề cập ở trên chính là đội ngũ những “hiệp sỹ” CNTT ngành Hải quan. Từ nhiều năm qua, để phục vụ chủ trương hiện đại hóa hải quan, lãnh đạo Tổng cục Hải quan luôn chú trọng xây dựng một lực lượng CBCC làm việc trong lĩnh vực CNTT mạnh về cả số lượng và chất lượng. Đến nay, toàn Ngành đã hình thành được đội ngũ khoảng 400 CBCC (cả ở Tổng cục Hải quan và các Cục Hải quan địa phương) đạt trình độ chuyên môn, nghiệp vụ cao, đủ năng lực đảm nhận các nội dung phức tạp, triển khai các dự án lớn. Trong đó Cục CNTT và Thống kê Hải quan được xem là đơn vị chủ công.

Lãnh đạo Cục tâm sự: Nhằm đảm bảo yêu cầu triển khai ứng dụng CNTT mạnh mẽ trong ngành Hải quan, với chức năng, nhiệm vụ được giao, đơn vị luôn chủ động xây dựng và phát triển nguồn nhân lực CNTT và thống kê hải quan không chỉ trong nội bộ đơn vị mà đã phát triển cho toàn Ngành, đảm bảo nguồn nhân lực để triển khai các ứng dụng lớn về CNTT như thủ tục hải quan điện tử; Cơ chế một cửa quốc gia...  Bên cạnh đó, Cục cũng đảm bảo công tác tập huấn, đào tạo để CBCC toàn Ngành có trình độ tin học và sử dụng thành thạo các phần mềm ứng dụng trong công tác nghiệp vụ.

Song song với thực hiện nhiệm vụ trong Ngành, quá trình triển khai, vận hành các hệ thống CNTT, Cục CNTT và Thống kê Hải quan cũng dành sự quan tâm, hỗ trợ nâng cao nguồn lực về CNTT của hơn 50.000 doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xuất nhập khẩu.