Mục tiêu chung của Dự án nhằm nâng cao các dịch vụ y tế chất lượng cao và coi bệnh nhân là trung tâm thông qua thực hiện hiệu quả Quy trình An toàn cho người bệnh, Quy trình lâm sàng và phối hợp nhóm đa ngành, đồng thời tăng cường phối hợp hoạt động giữa các khoa phòng trong các bệnh viện; Tăng cường các biện pháp kiểm soát nhiễm khuẩn theo tiêu chuẩn quốc tế trong bệnh viện; Nâng cao năng lực của Bệnh viện Chợ Rẫy và Bệnh viện Chợ Rẫy Hữu nghị Việt - Nhật trong việc tăng cường các chức năng liên kết của các bệnh viện.

Dự án Nâng cao Năng lực Quản lý bệnh viện sẽ là một trong những dự án hợp tác kỹ thuật quan trọng nhất trong lĩnh vực y tế, góp phần tạo điều kiện thuận lợi để cải thiện năng lực cung cấp các dịch vụ y tế cũng như nâng cao năng lực cho đội ngũ nhân sự của ngành tại Việt Nam.

Thông qua dự án này, JICA mong muốn truyền tải thông điệp về những hỗ trợ của JICA trong lĩnh vực y tế tại Việt Nam là không chỉ giới hạn trong khuôn khổ hỗ trợ tài chính xây dựng bệnh viện với công nghệ tiên tiến của Nhật Bản mà còn góp phần đảm bảo năng lực và hoạt động của các bệnh viện Việt Nam.