Theo cơ quan điều tra, các bị can Bollingtoft Ole (70 tuổi, quốc tịch Đan Mạch), Tổng Giám đốc Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị; Nguyễn Thị Thủy (41 tuổi, trú ở thôn Phước Lợi, xã Phước Đồng, TP. Nha Trang), Giám đốc điều hành công ty và Phạm Văn Kiên (39 tuổi, trú đường Lê Hồng Phong, phường Phước Long, TP Nha Trang), kế toán trưởng công ty.

Các bị can bị khởi tố theo khoản 2 điều 227 Bộ Luật Hình sự 2015 tội “Vi phạm quy định về khai thác tài nguyên". Cùng với việc khởi tố bị can, Công an Khánh Hòa đã khám xét văn phòng, nơi làm việc của Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị để thu thập các tài liệu hồ sơ liên quan phục vụ công tác điều tra, xử lý các sai phạm trong khai thác khoáng sản trái phép tại đây.

Thông tin từ Sở Tài nguyên và Môi trường (Sở TN&MT) Khánh Hòa, ngày 28/11/2014, UBND tỉnh này có quyết định phê duyệt Dự án Khu nhà ở Hòn Thị (xã Phước Đồng, TP. Nha Trang), do Công ty Liên doanh khai thác đá Hòn Thị (nay là Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị) làm chủ đầu tư. Ngay sau đó, UBND tỉnh có công văn cho phép công ty này thi công hạ cốt nền theo thiết kế quy hoạch chi tiết 1/500 đã được phê duyệt thông qua các thủ tục được các sở ban ngành liên quan đồng ý và trình lên UBND tỉnh. Tuy nhiên, từ đó đến nay Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị không thực hiện các thủ tục liên quan mà vẫn tự ý khai thác khoáng sản trái phép để trục lợi.

Theo Sở TN&MT Khánh Hòa, dự án Khu đô thị Hòn Thị chưa có báo cáo đánh giá tác động môi trường được phê duyệt; hồ sơ thuyết minh đồ án điều chỉnh quy hoạch chi tiết 1/500 dự án chưa được Sở Xây dựng thẩm định. Đơn vị này đã có báo cáo trình lên UBND tỉnh Khánh Hòa về hàng loạt sai phạm đã và đang xẩy ra tại Công ty TNHH Khai thác đá Hòn Thị; có hai văn bản gửi đến Công an tỉnh để cung cấp thông tin và tài liệu liên quan đến dự án Khu đô thị Hòn Thị để cơ quan điều tra thu thập hồ sơ, xử lý các sai phạm, tồn tại theo quy định.