Mục tiêu của Chương trình là khuyến khích, tạo điều kiện thúc đẩy phát triển hợp tác xã (HTX) mới, tác động trực tiếp vào sản xuất, kinh doanh của kinh tế thành viên; tăng cường tính tự chủ, khai thác tối đa tiềm năng, lợi thế của HTX, nâng cao hơn nữa vai trò của HTX đối với sự phát triển, bảo đảm an sinh xã hội của đất nước.

Bên cạnh đó, tăng cường năng lực cạnh tranh của kinh tế hộ gia đình đặc biệt là kinh tế hộ nông dân và các cơ sở sở sản xuất, kinh doanh quy mô vừa và nhỏ.

Tham gia Chương trình, các HTX được hưởng hỗ trợ chung gồm: Bồi dưỡng nguồn nhân lực; xúc tiến thương mại, mở rộng thị trường; ứng dụng khoa học, kỹ thuật và công nghệ mới; thành lập mới, tổ chức lại hoạt động của HTX.

Riêng đối với các HTX nông, lâm, ngư, diêm nghiệp, ngoài các chính sách hỗ trợ chung kể trên, còn được hưởng hỗ trợ đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng; hỗ trợ vốn, giống khi gặp khó khăn do thiên tai, dịch bệnh; hỗ trợ chế biến sản phẩm.

Hỗ trợ vốn xây dựng các công trình kết cấu hạ tầng phục vụ sản xuất, kinh doanh cho cộng đồng thành viên HTX bao gồm: Trụ sở, sân phơi, nhà kho, xưởng sơ chế, chế biến, điện, nước sinh hoạt, chợ, công trình thủy lợi, cơ sở hạ tầng vùng nuôi trồng thủy sản, cửa hàng vật tư nông nghiệp, giao thông nội đồng.

Ngân sách Trung ương hỗ trợ tối đa 80% tổng mức đầu tư của dự án, HTX đóng tối thiểu 20% tổng mức đầu tư của dự án.

Duy Hữu