Liên quan tới vụ án ông Đinh La Thăng cùng đồng phạm xảy ra trong việc bán quyền thu phí cao tốc TPHCM – Trung Lương, cơ quan điều tra có xác định một số người liên quan, trong đó có ông Nguyễn Văn Thể (vào thời điểm ông Thể làm Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải).

Theo quy định của Hợp đồng số 4746/CIPM-HĐ ngày 30/12/2013 (về thanh toán tiền mua phí), công ty Yên Khánh phải thanh toán cho nhà đầu tư công ty Cửu Long 3 đợt, trong 10 tháng. Đợt 1 phải thanh toán trên 800 tỷ đồng, đợt 2 trên 601 tỷ đồng và đợt 3 là 601 tỷ đồng.

Bị can Đinh La Thăng.

Quá trình quản lý việc thanh toán tiền trúng đấu giá, ngay khi công ty Yên Khánh thanh toán không đúng hạn hợp đồng, công ty Cửu Long  đã có văn bản báo cáo Bộ Giao thông Vận tải và Bộ này có văn bản chỉ đạo, trong đó ông Nguyễn Văn Thể (lúc này là Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải) ký 3 văn bản chỉ đạo (tuy nhiên, trong kết luận điều tra chỉ liệt kê 2 văn bản ở mục thứ 9 và 10, tại trang 21 và 22).

Cụ thể, các văn bản của ông Nguyễn Văn Thể ký là, vào ngày 31/8/2015 Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể ký văn bản số 11594/BGTVT-TC gửi công ty Cửu Long, công ty Yên Khánh, nội dung chỉ đạo: Yêu cầu công ty Yên Khánh căn cứ thông báo kết luận của Bộ Giao thông Vận tải khẩn trương thực hiện thanh toán theo đúng tiến độ cam kết, giao công ty Cửu Long có trách nhiệm thanh toán theo đúng cam kết. Tiếp đến ngày 8/10/2015, ông Thể ký văn bản số 499/BGTVT-TC cũng có nội dung tương tự...

Tại trang 21 và 22 của kết luận điều tra nêu rõ văn bản số 11594/BGTVT-TC ngày 31/8/2015, do ông Nguyễn Văn Thể, Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, gửi công ty Cửu Long, công ty Yên Khánh (trả lời văn bản số 3304/CIPM-QLXD ngày 28/8//2015), nội dung chỉ đạo:

Yêu cầu công ty Yên Khánh căn cứ thông báo kết luận số 757/TB-BGTVT ngày 20/8/2015 của Bộ Giao thông Vận tải. Giao công ty Cửu Long có trách nhiệm làm việc và yêu cầu công ty Yên Khánh thực hiện việc thanh toán theo đúng cam kết, báo cáo Bộ Giao thông Vận tải kết quả thực hiện trước ngày 5/10/2015, đối với đợt thanh toán số tiền còn lại.

Tiếp đó, ngày 8/10/2015 ông Thể có văn bản số 13438/BGTVT-TC gửi công ty Cửu Long với nội dung chỉ đạo như sau: Theo báo cáo của công ty Cửu Long, đến thời điểm hiện nay công ty Yên Khánh vẫn chưa thực hiện nộp hết số tiền còn lại như đã cam kết, vì vậy, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu công ty Cửu Long khẩn trương làm việc với công ty Yên Khánh để thực hiện nộp đầy đủ số tiền mua quyền thu phí đường cao tốc TPHCM -Trung Lương theo đúng quy định và cam kết của công ty Yên Khánh.

Hiện nay, chưa có quy định về cơ chế sử dụng nguồn kinh phí bán quyền thu phí  đường cao tốc TPHCM - Trung Lương cho dự án xây dựng số 2 nút giao thông trên  tuyến nối Tân Tạo - Chợ Đệm, vì vậy đề nghị công ty Cửu Long làm việc với công ty Yên Khánh để khẩn trương thực hiện nộp đầy đủ số tiền còn lại như đã nêu trên (bao gồm việc tính toán số tiền phạt do chậm hợp đồng).

Ngoài các văn bản trên, khi công ty Cửu Long có báo cáo đề xuất chấm dứt hợp đồng, Nguyễn Chí Thành đã tham mưu soạn thảo để trình Thứ trưởng Nguyễn Văn Thể ký tờ trình ngày 22/6/2015, gửi Bộ trưởng Đinh La Thăng về tình hình thực hiện hợp đồng mua quyền thu phí cao tốc TPHCM – Trung Lương.

Cao tốc TPHCM - Trung Lương.

Ngày 23/6/2015, ông Đinh La Thăng ghi ý kiến chỉ đạo phía trên, góc trái của Tờ trình: “Đề nghị anh Thể chỉ đạo giải quyết theo đúng hợp đồng của hai bên đã ký và đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên cũng cần làm rõ trách nhiệm của nhà đầu tư và các cơ quan nhà nước, công ty Cửu Long”.

Sau đó, ông Nguyễn Văn Thể ghi ý kiến chỉ đạo tiếp theo dưới bút phê của ông Đinh La Thăng: “Gấp, yêu cầu công ty Cửu Long, Vụ Tài chính, Pháp chế... làm việc lại với công ty Yên Khánh thảo luận từng vấn đề cụ thể, có kết luận rõ ràng, dứt khoát...”.

Để có lý do báo cáo sự chậm trễ và cấn trừ số tiền phải thanh toán, ngày 22/7/2014, công ty Yên Khánh ký văn bản gửi Bộ Giao thông Vận tải, công ty Cửu Long kiến nghị về việc giao công ty Yên Khánh được chỉ định làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung 2 nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo – Chợ Đệm thuộc đường cao tốc TPHCM – Trung Lương, theo hình thức Hợp đồng BOT hoặc BOT kết hợp BT với tổng đầu tư 1.300 tỷ đồng, phương án hoàn vốn là kiến nghị tăng giá vé qua trạm thu phí cao tốc TPHCM – Trung Lương và phần chi phí do công ty Yên Khánh đầu tư 2 nút giao sẽ được khấu trừ vào số tiền còn phải thanh toán của Hợp đồng 4746/CIPM-HĐ.

Ông Đinh La Thăng ghi bút phê vào tờ trình: “Đồng ý, k/c anh Thể giải quyết”. Ông Thể ghi tiếp bút phê: “Ban PPP n/c, đề xuất các vấn đề liên quan DA BOT này”.

Công ty Yên Khánh của Út 'trọc" chậm thanh toán tiền.

Sau đó, công ty Yên Khánh vẫn không nộp tiền theo cam kết nhưng vẫn không bị chấm dứt hợp đồng và đến ngày 30/3/2017, công ty Yên Khánh mới nộp đủ số tiền trúng đấu giá là 2.004 tỷ đồng.

Do công ty Yên Khánh vi phạm hợp đồng mua bán quyền thu phí (chậm thanh toán) nên công ty Cửu Long khởi kiện ra TAND quận Bình Thạnh (TPHCM) yêu cầu công ty Yên Khánh thanh toán số tiền phạt chậm thanh toán là 267 tỷ đồng. Đến nay đã qua 2 cấp xét xử buộc công ty Yên Khánh phải thanh toán cho tổng công ty Cửu Long số tiền 262 tỷ đồng. Chấp nhận một phần yêu cầu của công ty Yên Khánh buộc công ty Cửu Long thanh toán cho công ty Yên Khánh số tiền bù đắp các thiệt hại do ảnh hưởng của việc thi công lắp đặt hệ đồng ITS là 2,4 tỷ đồng.

Ngày 9/7/2018, công ty Yên Khánh có đơn đề nghị giám đốc thẩm đối với 2 bản án trên. Tiếp đó, Viện KSND cấp cao tại TPHCM đã ra yêu cầu hoãn thi hành án.

Ngày 4/5/2020 và ngày 19/8/2020, cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đã có văn bản gửi TAND cấp cao tại TPHCM đề nghị hủy bản án sơ thẩm và phúc thẩm vụ án tranh chấp kinh doanh thương mại giữa công ty Yên Khánh và tổng công ty Cửu Long liên quan đến việc thực hiện hợp đồng mua, bán quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương để đảm bảo xử lý triệt để, thống nhất trong vụ án hình sự do cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an thụ lý.