Tuy nhiên Thanh tra phát hiện, trong các năm 2018, 2019, một số HTX có mức lợi nhuận sau thuế dưới 6 tỷ đồng không tham gia góp vốn. Trong khi đó, phần lớn HTX có lợi nhuận sau thuế từ 24 triệu đồng đến dưới 500 triệu đồng lại tham gia góp với số vốn góp hàng trăm tỷ đồng.

"Do tỷ suất lợi nhuận sau thuế đạt được từ 26% - 39% trên vốn góp nên nhu cầu của các cá nhân, tổ chức muốn đầu tư vào Saigon Co.op là có cơ sở. Điều này cũng cho thấy nếu không làm rõ được nguồn vốn tăng lên thì Saigon Co.op sẽ bị chi phối bởi các tổ chức, cá nhân bên ngoài và không giữ được nguyên tắc tổ chức, hoạt động. Đồng thời, có dấu hiệu thâu tóm, chiếm đoạt vốn, tài sản của Saigon Co.op được hình thành từ khi thành lập đến nay, xâm phạm đến quyền sở hữu tài sản chung (tài sản không chia) và tài sản của nhà nước, ảnh hưởng đến an ninh kinh tế của TP nói riêng và cả nước nói chung. Việc làm này có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự" - kết luận thanh tra nêu rõ.

Ngay sau khi Thanh tra TP công bố kết luận, Thafnh ủy TP.HCM đã đình chỉ sinh hoạt cấp ủy và các vai trò Ban chấp hành, Ban thường vụ và Bí thứ Đảng ủy Saigon Co.op đối với ông Diệp Dũng bởi ký do:  Ông Diệp Dũng với vai trò của mình tại Saigon Co.op đã tổ chức chỉ đạo huy động vốn trái pháp luật, tổ chức Đại hội thường niên trái pháp luật và thực hiện công tác cán bộ trái quy định của Đảng và không trung thực với tổ chức khi có yêu cầu báo cáo.

Sau đó, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP.HCM đã hủy 4 nội dung đăng ký thay đổi lần thứ 34 của Saigon Co.op, không thừa nhận số vốn góp 3.597 tỷ đồng của các HTX thành viên đầu năm 2020 với lý do khai báo thông tin chưa chính xác.