Theo Superdong Kiên Giang, hàng năm, báo cáo tài chính của Công ty đều được kiểm toán bởi công ty kiểm toán được Ủy ban chứng khoán Nhà nước chấp thuận. Trong các báo cáo quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp gửi cơ quan thuế, Công ty cũng đều trình bày rõ ràng, cụ thể phương pháp tính thuế.

Tuy nhiên, năm 2016, cơ quan thuế gửi công văn yêu cầu Superdong Kiên Giang tính lại thuế đối với dự án tàu Superdong III trở đi. Theo lý lẽ của cơ quan thuế, các dự án này là dự án mở rộng nên không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong giai đoạn từ 2009 đến 2014.

Theo Superdong Kiên Giang, thời gian qua, Công ty đã nhiều lần làm việc với cơ quan thuế để bảo vệ quyền lợi của cổ đông và Công ty. Tuy nhiên mới đây, Cục thuế Kiên Giang đã có văn bản trả lời không chấp thuận miễn giảm thuế đối với thu nhập từ các tàu Superdong III, IV, V, VI trong các năm 2010 đến 2013.

Superdong Kiên Giang  cho biết, trước quyết định trên của Cục thuế Kiên Giang, Công ty sẽ tạm nộp số tiền truy thu thuế theo yêu cầu của cơ quan thuế, nhưng doanh nghiệp này sẽ tiếp tục khiếu nại về vấn đề này.