Các đoàn thanh tra bao gồm:

Đoàn số 1: Vụ Khoa học Công nghệ (Bộ Công Thương) chủ trì, thành viên Đoàn gồm: Vụ Khoa học công nghệ (Bộ Công Thương), Thanh tra Bộ Y tế, Cục Bảo vệ thực vật, Viện Kiểm nghiệm An toàn Vệ sinh Thực phẩm Quốc gia. Địa bàn kiểm tra gồm các tỉnh, thành phố: Hà Nội, Thái Nguyên.

Đoàn số 2: Cục Quản lý thị trường (Bộ Công Thương) chủ trì, thành viên Đoàn gồm: Cục Quản lý thị trường (Bộ Công Thương), Cục Thú y, Viện Y tế công cộng TP. HCM, Cục Quản lý chất lượng sản phẩm hàng hóa (Bộ Khoa học công nghệ). Địa bàn kiểm tra gồm các tỉnh, thành phố: Thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương.

Đoàn số 3: Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế) chủ trì, thành viên Đoàn gồm: Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế), Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường - C49 (Bộ Công An), Viện Pastuer Nha Trang, Cục Bảo vệ thực vật. Địa bàn kiểm tra gồm các tỉnh: Thừa Thiên Huế, Quảng Trị.

Đoàn số 4: Thanh tra Bộ Y tế chủ trì, thành viên Đoàn gồm : Thanh tra Bộ Y tế, Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế), Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm về môi trường - C49 (Bộ Công an), Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên. Địa bàn kiểm tra gồm các tỉnh: Gia Lai, Kon Tum.

Đoàn số 5: Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) chủ trì, thành viên Đoàn gồm: Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản & thuỷ sản và đơn vị kiểm nghiệm thuộc Cục, Vụ Khoa học công nghệ (Bộ Công thương), Cục Quản lý chất lượng sản phẩm hàng hóa (Bộ Khoa học công nghệ). Địa bàn kiểm tra gồm các tỉnh: An Giang, Vĩnh Long.

Đoàn số 6: Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, thành viên Đoàn gồm: Thanh tra Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Cục Thú Y và đơn vị kiểm nghiệm thuộc Cục, Cục Quản lý thị trường (Bộ Công thương). Địa bàn thanh tra, kiểm tra: Lào Cai, Lai Châu.

Tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Ban chỉ đạo An toàn Vệ sinh Thực phẩm Trung ương cho biết, Sở Y tế  địa phương tham mưu cho Ủy ban nhân dân/Ban Chỉ đạo liên ngành về An toàn Vệ sinh Thực phẩm các tỉnh, thành phố kế hoạch kiểm tra bảo đảm an toàn thực phẩm trong dịp Tết Trung thu năm 2016.

Các địa phương cũng có thể thành lập các đoàn thanh tra, kiểm tra liên ngành ở các cấp có sự tham gia của các đơn vị chức năng tiến hành thanh tra, kiểm tra tại các cơ sở sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu thực phẩm, dịch vụ ăn uống. Đồng thời phối hợp với các Đoàn thanh tra liên ngành của Trung ương tiến hành kiểm tra, xử lý các vi phạm về an toàn thực phẩm tại các cơ sở thực phẩm theo kế hoạch cụ thể của các đoàn Trung ương.

Ủy ban nhân dân/Ban Chỉ đạo liên ngành về An toàn Vệ sinh Thực phẩm các tỉnh, thành phố chỉ đạo các ngành chức năng của địa phương và Ủy ban nhân dân các cấp triển khai các biện pháp bảo đảm an toàn thực phẩm trong dịp Tết Trung thu, tăng cường tuyên truyền bảo đảm an toàn thực phẩm, bố trí kinh phí cho các hoạt động bảo đảm an toàn thực phẩm trong dịp Tết Trung thu năm 2016.