Theo Nghị định mới, Chính phủ bổ sung 12 đơn vị hạch toán phụ thuộc đường sắt Việt Nam gồm:

1- Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Nội; 2- Chi nhánh Khai thác đường sắt Lào Cai; 3- Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Lào; 4- Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Lạng; 5- Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Thái Hải; 6- Chi nhánh Khai thác đường sắt Hà Thanh; 7- Chi nhánh Khai thác đường sắt Nghệ Tĩnh; 8- Chi nhánh Khai thác đường sắt Thừa Thiên - Huế; 9- Chi nhánh Khai thác đường sắt Nghĩa Bình; 10- Chi nhánh Khai thác đường sắt Phú Khánh; 11- Chi nhánh Khai thác đường sắt Sài Gòn;  12- Chi nhánh Ga Đồng Đăng.

Ngoài ra, bổ sung Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Vận tải đường sắt Hà Nội; Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Vận tải đường sắt Sài Gòn và Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên Xe lửa Gia Lâm vào danh mục các công ty do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ 100% vốn điều lệ.

Bổ sung Công ty cổ phần Đầu tư phát triển hạ tầng và đô thị Đường sắt; Công ty cổ phần Đầu tư và Xây dựng Giao thông vận tải; Công ty cổ phần In đường sắt Sài Gòn và Công ty cổ phần In Đường sắt vào danh sách các công ty do Tổng công ty Đường sắt Việt Nam nắm giữ dưới 50% vốn điều lệ.