Theo quy định tại Khoản 9, Điều 36 và Khoản 2, Điều 38 Luật Ngân sách Nhà nước số 83/2015/QH13 ngày 10/7/2015 của Quốc hội, nhiệm vụ chi của ngân sách Trung ương gồm “chi bổ sung cân đối ngân sách, bổ sung có mục tiêu cho ngân sách địa phương”.

Nhiệm vụ chi của ngân sách địa phương gồm “chi thường xuyên của các cơ quan, đơn vị ở địa phương được phân cấp trong các lĩnh vực: chi bảo đảm xã hội, bao gồm cả chi thực hiện các chính sách xã hội theo quy định của pháp luật...”.

Theo quy định tại Khoản 2, Điều 1 Nghị định số 67/2012/NĐ-CP ngày 10/9/2012 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 143/2003/NĐ-CP ngày 28/11/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Pháp lệnh Khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi thì toàn bộ tiền miễn thu thủy lợi phí được ngân sách Nhà nước cấp bù cụ thể, về nhiệm vụ chi của ngân sách Trung ương:

- Bảo đảm 100% số thủy lợi phí được miễn cho các đơn vị quản lý, khai thác công trình thủy lợi Trung ương.

- Hỗ trợ 100% kinh phí miễn thủy lợi phí tăng thêm đối với các địa phương nhận bổ sung cân đối từ ngân sách Trung ương.

- Hỗ trợ 50% kinh phí miễn thủy lợi phí tăng thêm đối với các địa phương có tỷ lệ điều tiết về ngân sách Trung ương dưới 50%.

- Đối với các địa phương có tỷ lệ điều tiết về ngân sách Trung ương từ 50% trở lên, kinh phí tăng thêm do ngân sách địa phương bảo đảm.

Về nhiệm vụ chi của ngân sách địa phương:

- Bảo đảm phần kinh phí miễn thủy lợi phí được miễn thủy lợi phí đã được cân đối ngân sách hàng năm được quy định tại Quyết định số 59/2010/QĐ-TTg ngày 30/9/2010 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành định mức phân bổ dự toán chi thường xuyên ngân sách Nhà nước năm 2011.

- Đối với các địa phương có thu điều tiết về ngân sách Trung ương từ 50% trở lên, ngân sách địa phương bảo đảm 100% thủy lợi phí được miễn tăng thêm cho các đơn vị quản lý khai thác công trình thủy lợi địa phương.

- Đối với các địa phương có thu điều tiết về ngân sách Trung ương dưới 50%, ngân sách địa phương bảo đảm 50% thủy lợi phí được miễn tăng thêm cho các đơn vị quản lý khai thác công trình thủy lợi địa phương.

Vì vậy, kinh phí miễn thu thủy lợi phí cho các đơn vị làm nhiệm vụ quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi để duy tu sửa chữa các công trình thủy lợi là thuộc vốn ngân sách Nhà nước.