Cụ thể, Bộ GTVT yêu cầu Tổng công ty Đường sắt VN và các đơn vị thành viên rà soát, điều chỉnh, hạch toán đúng quy định đối với 11 nội dung được nêu tại mục II của Phụ lục kèm theo Kết luận Thanh tra. Tự rà soát, hạch toán điều chỉnh các nội dung nêu tại Kết luận, kiến nghị xử lý đảm bảo đúng chế độ tài chính kế toán. Theo đó, xác định các chỉ tiêu tài chính, kết quả kinh doanh sau điều chỉnh, trường hợp phát sinh nghĩa vụ với Nhà nước về thuế, phí… phải kê khai nộp đầy đủ và đúng quy định.

“Về quản lý và xử lý trách nhiệm, Tổng công ty Đường sắt VN phải kiện toàn hệ thống quản trị doanh nghiệp…, phân định rõ giữa quản lý Nhà nước và quản lý kinh doanh của doanh nghiệp, giữa kinh doanh kết cấu hạ tầng và kinh doanh vận tải trên đường sắt do Nhà nước đầu tư… Tổng công ty phải rà soát bổ sung điều lệ, quy chế; xây dựng đủ các định mức, đơn giá về nguyên vật liệu, tiền lương, các chi phí quản lý doanh nghiệp…;rà soát toàn bộ các dự án đầu tư để điều chỉnh và kiến nghị điều chỉnh các chi phí bất hợp lý…, thanh quyết toán các dự án đầu tư đã quá hạn”, Văn bản nêu rõ.

Tổng công ty phải rà soát lại việc quản lý sử dụng đất đai để thanh lý hợp đồng và xử lý những trường hợp sử dụng sai mục đích, lấn chiếm; Phối hợp với các địa phương có hệ thống đường sắt đi qua thực hiện cắm mốc giới, cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất…, báo cáo Bộ GTVT cùng các địa phương xử lý và quản lý sử dụng hiệu quả.

Bộ GTVT cũng yêu cầu các Vụ và Cục Đường sắt VN tham mưu xử lý các nội dung theo Kết luận thanh tra, trong đó có liên quan đến tài chính một số dự án đầu tư máy móc, thiết bị…; Việc quản lý, sử dụng đất đai… Đồng thời tham mưu cho Bộ phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan hữu quan kiểm tra, đánh giá toàn diện việc thực hiện tái cơ cấu doanh nghiệp; Rà soát hoạt động kinh doanh, quản lý khai thác kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt, đặc biệt là hoạt động đầu tư, bảo trì, sửa chữa để xử lý theo thẩm quyền và sớm chỉ đạo Tổng công ty Đường sắt Việt Nam khắc phục; Kiểm tra, xử lý đảm bảo quản lý chặt chẽ nguồn lực Nhà nước giao, tách bạch rõ kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt với kinh doanh vận tải, xóa bỏ độc quyền…

Lãnh đạo Bộ GTVT cũng giao Thanh tra Bộ đôn đốc, theo dõi các đơn vị thực hiện các kết luận, kiến nghị của Thanh tra Chính phủ; Tổng hợp báo cáo Thanh tra Chính phủ kết quả thực hiện Kết luận Thanh tra của Thanh tra Chính phủ tại Tổng công ty Đường sắt VN.

Trước ngày 5/10/2016, các đơn vị phải báo cáo kết quả thực hiện với Bộ GTVT.

Trước đó, 

u hơn 2 năm tiến hành thanh tra (19/9/2014), Thanh tra Chính phủ vừa công bố Kết luận số 2222/KL - TTCP ngày 26/8/2016 về việc chấp hành quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.

Bản Kết luận gồm 36 trang này  nhận được ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ đã chỉ ra 4 nhóm sai phạm lớn tại Tổng công ty Đường sắt Việt Nam.

Cụ thể, Thanh tra Chính phủ khẳng định Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã thiếu trách nhiệm trong việc quyết định và quản lý thực hiện các dự án đầu tư máy móc thiết bị và dự án kết cấu hạ tầng đường sắt gây lãng phí, kém hiệu quả, trong đó có 3 dự án mua sắm máy móc thiết bị với tổng giá trị 408 tỷ đồng (giai đoạn 2003 – 2009).

Thứ hai, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã phê duyệt giá không đúng thẩm quyền, sai căn cứ, làm giảm hiệu quả đầu tư, lãng phí ngân sách, đặc biệt là Dự án mua ray bảo trì, sửa chữa đường sắt bằng nguồn vốn vay của Chính phủ Áo với giá cao bất thường so với giá ray có tính năng tương tự cùng thời điểm.

Thứ ba, góp vốn kinh doanh ngoài ngành bằng quyền thuê đất và tài sản gắn liền với đất tại 80 Lý Thường Kiệt và 22 Phan Bội Châu trái quy định. Theo xác định của Thanh tra Chính phủ, việc thực hiện thủ tục góp vốn của Tổng công ty  trái với Nghị quyết 94/NQ-CP ngày 27.9.2011 của Chính phủ, trái với quy định đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đề án tái cơ cấu ngành đường sắt giai đoạn 2012 – 2015. 

Thanh tra Chính phủ cho rằng Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đã xem thường lợi ích Nhà nước, của doanh nghiệp, lợi dụng thủ tục góp vốn và thực hiện việc góp vốn trái chủ trương quy định để hợp thức hóa việc chuyển nhượng tài sản có giá trị lớn không qua đấu giá, đầu thầu.

Liên quan đến nội dung này, Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ tài chính chủ trì phối hợp Bộ GTVT, Bộ TNMT, UBND TP Hà Nội rà soát lập phương án sử dụng đất tại hai địa chỉ nêu trên đảm bảo có hiệu quả, đúng pháp luật, không để thất thoát lãng phí tài sản Nhà nước, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.

Thứ tư, buông lỏng và vi phạm quy định quản lý vốn, tài sản dẫn đến lãng phí tiền vốn, cơ sở vật chất, đất đai được giao; hoạt động kinh doanh trì trệ, kém hiệu quả; một số nội dung về quản lý tài chính, tài sản còn để xảy ra khuyết điểm, vi phạm.

Thanh tra Chính phủ đề nghị Bộ GTVT kiểm điểm và xử lý trách nhiệm đối với những tập thể, cá nhân liên quan đến khuyết điểm, vi pham nêu trong kết luận thanh tra; trong đó lưu ý các nội dung về quyết định và quản lý thực hiện các dự án đầu tư máy móc thiết bị; Gói thầu EP Dự án nâng cao an toàn cầu đường sắt; góp vốn kinh doanh ngoài ngành bằng quyền thuê đất và tài sản gắn liền với đất tại 80 Lý Thường Kiệt và 22 Phan Bội Châu… gây lãng phí, kém hiệu quả.

Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Tài chính xem xét để xử lý các khoản tiền có tính sai phạm theo kết luận thanh tra với tổng số tiền 131 tỷ đồng phù hợp thực tế có tính khả thi.