Theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Bùi Quang Vinh làm Chủ tịch Hội đồng. Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Văn Trung làm Phó Chủ tịch Hội đồng.

Các ủy viên gồm lãnh đạo các Bộ: Tài chính; Tư pháp; Quốc phòng; Công an; Công Thương; Tài nguyên và Môi trường; Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Giao thông vận tải; Khoa học và Công nghệ.

Hội đồng thẩm định liên ngành có nhiệm vụ tổ chức thẩm định Báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư các chương trình mục tiêu giai đoạn 2016 - 2020.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định. Kinh phí hoạt động của Hội đồng thẩm định sử dụng nguồn chi thường xuyên của Bộ Kế hoạch và Đầu tư.