Để khuyến khích phương tiện lưu thông trên các đoạn tuyến của đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, VIDIFI đề xuất áp dụng mức thu phí tiêu chuẩn là 1.500 đồng/km/xe, tương tự với mức phí đang thu trên cao tốc Nội Bài - Lào Cai, Bến Lức - Long Thành và Cầu Giẽ - Ninh Bình (đoạn bốn làn xe).

Cụ thể, VIDIFI đưa ra biểu giá mức thu phí để lưu thông 22,7km cao tốc này thấp nhất là 35.000 đồng/xe đối với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn, các loại xe buýt vận tải khách công cộng và cao nhất đối với xe tải trọng từ 18 tấn trở lên, xe chở hàng container bằng 40 feet là 180.000 đồng/xe.

Giai đoạn 2, đoạn từ nút giao Quốc lộ 39 trên địa phận Hưng Yên đến nút giao Tỉnh lộ 353 thuộc địa phận Hải Phòng dài 76,4 km sẽ được khai thác từ tháng 8/2015 với hình thức thu phí kín. Đến ngày 31/12/2015 sẽ vận hành, khai thác, thu phí toàn dự án.

Theo phương án tài chính của dự án đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng, Bộ Giao thông vận tải thẩm định, mức thu phí là 2.000 đồng/km/xe tiêu chuẩn.

Từ năm 2016, VIDIFI sẽ áp dụng mức thu theo phương án tài chính được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.

Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý về nguyên tắc việc tổ chức thông xe, khai thác tạm thời và thực hiện thu phí dự án đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng sau khi có ý kiến thống nhất của Hội đồng nghiệm thu Nhà nước các công trình xây dựng

Thủ tướng Chính phủ lưu ý, việc nghiệm thu các hạng mục công trình thực hiện theo đúng quy định về quản lý đầu tư xây dựng và quản lý chất lượng công trình xây dựng.

Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo Tổng công ty Phát triển hạ tầng và Đầu tư tài chính Việt Nam hoàn thiện các hạng mục công trình còn lại theo đúng dự án đầu tư được duyệt; lấy ý kiến của Bộ Tài chính về mức thu phí theo đúng quy định trước khi tổ chức thu phí.

Đồng thời xây dựng quy trình quản lý, khai thác tạm thời để đảm bảo tuyệt đối an toàn giao thông trên tuyến.

Tổng công ty Phát triển hạ tầng và Đầu tư tài chính Việt Nam (VIDIFI) - Chủ đầu tư dự án đường cao tốc Hà Nội - Hải Phòng dự kiến sẽ đưa vào khai thác đoạn tuyến Km 74+000 đến Km 96+000 qua thành phố Hải Phòng từ ngày 19/5 và áp dụng thu phí theo lượt, tính theo số km thực tế mà xe lưu thông.