Trước vấn đề có những ý kiến cho rằng Bảo tàng Hà Nội giống Bảo tàng ở Trung Quốc, đại diện của Sở Xây dựng cho biết, đơn vị tư vấn cho dự án (liên doanh với GMP-ILAG - Cộng hòa Liên bang Đức) nói rằng, việc thiết kế bảo tàng sẽ dựa trên quy trình đi thăm bảo tàng từ dưới tầng 1 lên đến tầng 4. Ý tưởng của họ thể hiện sự phát triển của Hà Nội càng lên cao càng nở ra, đến giai đoạn hiện đại về sau thì càng nở ra.

Được biết, Sở Xây dựng là chủ đầu tư xây dựng bảo tàng Hà Nội bao gồm cả 2 giai đoạn, trong đó giai đoạn một là xây dựng toàn bộ kiến trúc bên ngoài, giai đoạn hai là sưu tầm, trưng bày, thiết kế hiện vật cho bảo tàng.

Theo sở xây dựng thì kinh phí đâu tư xây dựng cho bảo tàng Hà Nội là 1.697 tỷ đồng. Hiện nay kiểm toán nhà nước đợt 1 đã thực hiện được 1.500 tỷ đồng, còn 197 tỷ đồng sẽ kiểm toán đợt 2 vào tháng 9/2015.

Ông Nguyễn Tiến Đà, Giám đốc Bảo tàng Hà Nội cho biết, Bảo tàng Hà Nội là công trình hiện đại mang tầm cỡ khu vực. Điểm nhấn là những khu vực được bảo tàng hóa, những hình ảnh, video clip, phóng sự ngắn, phóng sự dài và các tổ hợp xử lý âm thanh, ánh sáng sẽ là một phần bù đắp lại cho việc những hiện vật tiêu biểu mang giá trị kinh tế cao tại bảo tàng còn sơ sài. 

Bảo tàng Hà Nội đã phục chế được một số hiện vật, với những hiện vật mua theo sưu tầm thì bảo tàng mới thử nghiệm theo quy trình 9 bước để mua. Đến thời điểm này, chúng tôi mới chỉ mua được 8 hiện vật với giá trị 61 triệu đồng cho chuyên đề Hà Nội Tiền- Sơ sử và Văn hóa Đông Sơn, ông Đà cho biết thêm.

Công trình Bảo tàng Hà Nội khánh thành và đi vào hoạt động từ ngày 06/10/2010, là công trình chào mừng kỷ niệm 1000 năm Thăng Long -  Hà Nội. Từ năm 2010 cho đến nay, Bảo tàng thường xuyên mở của đón khách tham quan. Cụ thể, năm 2013 là 84.977  lượt khách, năm 2014 là 111.825  lượt khách, 6 tháng đầu năm 2015 bảo tàng đón 50.875 lượt khách. Toàn bộ nội dung trưng bày chính thức đang trong quá trình thiết kế chi tiết và triển khai thi công từng phần.

Lý giải về nguyên nhân lượng khách đến tham quan tại bảo tàng còn ít theo từng thời kỳ khác nhau, ông Trương Minh Tiến, Phó Giám đốc Sở văn hóa thể thao cho rằng, việc tuyên truyền giới thiệu về bảo tàng còn chưa mạnh bởi bảo tàng Hà Nội vẫn chưa được trưng bày chính thức, việc trưng bày vẫn chỉ mang tính tạm thời nên việc tuyên truyền cũng gặp nhiều khó khăn.