Cụ thể, tại khoản 5 Điều 14 và khoản 2 Điều 15 Dự thảo Luật mới nhất có quy định nhiệm vụ của Bộ đội biên phòng kiểm soát xuất nhập cảnh, kiểm soát qua lại biên giới theo quy định của pháp luật.

Quy định này không giới hạn phạm vi, đối tượng kiểm soát xuất nhập cảnh. Điều này có thể sẽ được hiểu là Bộ đội Biên phòng có thể được kiểm tra, kiểm soát, xử lý phương tiện vận tải cả ở khu vực cửa khẩu (thuộc địa bàn hoạt động hải quan). 

Tổng cục Hải quan cho biết, điều này dẫn đến chồng chéo với chức năng, nhiệm vụ của cơ quan hải quan đã được quy định tại Luật Hải quan 2014. 

Theo đó, Luật Hải quan quy định trong địa bàn hoạt động hải quan, cơ quan hải quan chủ trì kiểm tra, giám sát, kiểm soát toàn bộ phương tiện xuất nhập cảnh, hàng hóa xuất nhập khẩu để thực hiện công tác đấu tranh phòng chống buôn lậu, vận chuyển trái phép ma túy, vũ khí, chất độc, chất nổ, tài liệu phản động,.. đảm bảo an ninh kinh tế, an ninh quốc phòng theo nhiệm vụ mà Đảng, Nhà nước đã giao tại Luật Hải quan.

Cơ quan hải quan cho biết, trường hợp dự thảo Luật Biên phòng Việt Nam với những quy định trên được thông qua sẽ dẫn đến 2 cơ quan (hải quan và biên phòng) cùng kiểm tra, giám sát, kiểm soát cho 1 phương tiện xuất nhập cảnh.

Điều này không phù hợp với chủ trương của Đảng, các cam kết quốc tế và các quy định pháp luật hiện hành, gây khó khăn cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, xuất nhập cảnh phương tiện vận tải.

Nghị quyết số 18-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Bộ Chính trị về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả.

Nghị quyết đã nhấn mạnh giải pháp “Rà soát, bổ sung, hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, mối quan hệ công tác giữa các tổ chức trong hệ thống chính trị, khắc phục tình trạng trùng lắp, chồng chéo để một tổ chức, một người có thể đảm nhiệm nhiều việc, nhưng một việc chỉ do một tổ chức, một người chủ trì và chịu trách nhiệm chính”

Theo đó, việc kiểm tra chồng chéo sẽ dẫn đến tình trạng làm làm phát sinh thêm thủ tục hành chính, kéo dài thời gian thông quan, phiền hà cho doanh nghiệp, phát sinh thêm chi phí.