Theo Quyết định được phê duyệt, mục tiêu tổng quát Quy hoạch là đẩy mạnh đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng kỹ thuật và hạ tầng xã hội, đặc biệt là dự án xây dựng cảng biển tổng hợp Hòn Khoai; xây dựng kế hoạch từng bước đưa lao động, tiến tới đưa dân (có chọn lọc) từ đất liền ra sống và làm việc trên cụm đảo Hòn Khoai phù hợp theo từng giai đoạn; đảm bảo an sinh xã hội, nâng cao đời sống vật chất và tinh thần của lực lượng làm nhiệm vụ và người lao động làm việc trên cụm đảo Hòn Khoai, đảm bảo các điều kiện và nhiệm vụ đề ra, cụ thể:

Tiếp tục bảo vệ khu rừng tự nhiên và đảm bảo tỷ lệ che phủ rừng, theo quy định kết nối chặt chẽ giữa các đảo trong cụm đảo và khu kinh tế Năm Căn, nhằm đẩy mạnh phát triển dịch vụ hậu cần nghề cá, khai thác hải sản xa bờ, nuôi trồng thủy sản quanh cụm đảo và phát triển dịch vụ du lịch (gồm du lịch sinh thái, du lịch khám phá phục vụ cho công tác nghiên cứu khoa học). Đặc biệt, điểm đột phá đối với kinh tế cụm đảo Hòn Khoai là hình thành cảng biển tổng hợp Hòn Khoai với mục đích chủ yếu là trung chuyển than về cung cấp cho các nhà máy nhiệt điện chạy than tại vùng ĐBSCL, tương lai có thể cung cấp than cho các vùng khác và các quốc gia lân cận.

Đồng thời tạo điều kiện kết hợp hài hòa giữa tăng trưởng kinh tế với đảm bảo an sinh xã hội

Bảo vệ tốt cảnh quan sinh thái, khu rừng tự nhiên trên cụm đảo, vùng biển xung quanh, các di tích lịch sử khi thực hiện các dự án đầu tư trên cụm đảo; tăng cường công tác phòng chống thiên tai nhằm đảm bảo an toàn trong sản xuất và đời sống các lực lượng làm nhiệm vu và người lao động trên cụm đảo Hòn Khoai

Đảm bảo quốc phòng, an ninh trên cụm đảo Hòn Khoai là nhiệm vụ ưu tiên hàng đầu và có kết hợp chặt chẽ với quá trình phát triển kinh tế - xã hội trên cụm đảo.

Quyết định cũng đã đưa ra định hướng phát triển các ngành kinh tế - xã hội như: thủy sản - lâm nghiệp, công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp (chủ yếu là dịch vụ hậu cần nghề cá), du lịch (có phân khu chức năng phát triển du lịch) và các lĩnh vực xã hội. Ngoài ra, Quyết định còn đề ra định hướng đảm bảo quốc phòng- an ninh, phân bố không gian lãnh  thổ, phát triển kết cấu hạ tầng (mạng lưới giao thông, cấp điện, cấp - thoát nước, khu dân cư và đặc biệt là xây dựng cảng biển tổng hợp Hòn Khoai), phương hướng sử dụng đất   phương án bảo vệ môi trường và sáu giải pháp thực hiện quy hoạch gồm: Huy động vốn đầu tư, đào tạo nguồn nhân lực, khoa học - công nghệ, phát triển các ngành chủ lực, đảm bảo quốc phòng - an ninh và ứng phó với biến đổi khí hậu

UBND tỉnh Cà Mau cũng giao cho Sở Kế hoạch và Đầu tư của tỉnh chủ trì, phối hợp với Sở, ngành cấp tỉnh UBND huyện Ngọc Hiển công bố và tổ chức thực hiện quy hoạch theo quy định.