Theo Chương trình, trong năm 2016, Ban Chỉ đạo sẽ tham mưu cho Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ hoàn thiện cơ chế, chính sách về: Sắp xếp, đổi mới, tái cơ cấu doanh nghiệp nhà nước (DNNN); ban hành tiêu chí, phân loại sắp xếp, đổi mới đơn vị sự nghiệp công lập; kiểm tra, giám sát hoạt động của DNNN; hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Đồng thời, Ban Chỉ đạo cũng chỉ đạo, hướng dẫn, đôn đốc các bộ, ngành, địa phương, tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước rà soát, bổ sung danh sách doanh nghiệp cần cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước; xây dựng Phương án tổng thể sắp xếp, đổi mới, tái cơ cấu DNNN giai đoạn 2016-2020, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt (Quý II); hoàn thành phê duyệt phương án sắp xếp công ty nông, lâm nghiệp; hoàn thành việc rà soát đất đai, đo đạc, cắm mốc, xây dựng phương án sử dụng đất và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với các công ty nông, lâm nghiệp; sắp xếp, đổi mới các đơn vị sự nghiệp công lập.

Ban Chỉ đạo cũng thực hiện đôn đốc các bộ quản lý ngành xây dựng, trình Chính phủ ban hành: các Nghị định thay thế Nghị định về Điều lệ tổ chức và hoạt động của tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước hoặc ban hành theo thẩm quyền; quy chế quản lý tài chính của một số tập đoàn kinh tế.

Ban Chỉ đạo cũng tiến hành theo dõi tình hình sản xuất kinh doanh và hoạt động của DNNN; hoạt động của doanh nghiệp sau cổ phần hóa, kết quả bán đấu giá cổ phần lần đầu ra công chúng (IPO); kết quả thoái vốn nhà nước; tình hình xử lý vướng mắc, khó khăn cho doanh nghiệp; hỗ trợ phát triển doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế; đồng thời, tăng cường công tác kiểm tra, giám sát tình hình thực hiện tái cơ cấu DNNN, đặc biệt là việc cổ phần hóa doanh nghiệp quy mô lớn, cổ phần hóa và chuyển các công ty nông, lâm nghiệp thành công ty TNHH hai thành viên.