Theo kết luận thanh tra, dự án Trung tâm Quốc gia nghiên cứu và phát triển Sâm Ngọc Linh (gọi tắt là dự án Sâm Ngọc Linh- Chủ đầu tư là Trung tâm ươm tạo và hỗ trợ doanh nghiệp) là một trong các dự án được phê duyệt chủ đầu tư trực tiếp quản lý dự án cho một số chủ đầu tư không có chức năng chuyên môn và không có đủ cán bộ có năng lực quản lý dự án.

Đối với công tác quản lý, sử dụng nguồn kinh phí, dự án Sâm Ngọc Linh có nhiều sai sót như: Số liệu phản ánh còn chưa thống nhất (Cây giống trong dự án Sâm Ngọc Linh), chưa tính toán kỹ tính khả thi của dự án dẫn đến phải điều chỉnh sửa đổi, bổ sung, ảnh hưởng đến tiến độ, hiệu quả đầu tư của dự án; xác định cây giống là thiết bị chưa phù hợp, dẫn đến dự án được duyệt thiếu chi phí cho lâm sinh (trồng và chăm sóc cây), gây khó khăn trong quá trình triển khai dự án). Bên cạnh đó, dự toán dự án lập cho nội dung chi phí quản lý dự án chưa tính toán kỹ đến đặc thù của dự án, dẫn đến không lập theo phương án xây dựng dự toán chi cụ thể mà xác định theo tỷ lệ, gây khó khăn khi thực hiện và phải xin điều chỉnh.

Cũng theo TTCP, dự án Sâm Ngọc Linh có công tác thiết kế còn nhiều sai sót dẫn đến phải điều chỉnh trong quá trình thi công; lập dự toán thiếu chính xác, sai khối lượng hoặc áp dụng đơn giá, mã hiệu định mức không chính xác; nhân sự của nhà thầu bố trí quá ít so với hợp đồng ký kết, dẫn đến chất lượng công trình chưa đảm bảo phải thi công lại...Theo đó, chi phí tư vấn giám sát của dự án Sâm Ngọc Linh cần xác định lại, giảm trừ 100,37 triệu đồng.

TTCP kết luận, số tiền sai phạm được phát hiện qua công tác thanh tra, kiểm toán tại dự án Sâm Ngọc Linh là 6.328, 997 triệu (trong đó, giảm trừ giá trị thanh toán, quyết toán công trình, dự án là 5.648,200 triệu đồng và xử lý khác 680,797 triệu đồng).

Đáng chú ý có Gói thầu Xây dựng Nhà làm việc, Nhà thí nghiệm, Nhà trình diện và giới thiệu sản phẩm, Nhà ăn tập thể, Hệ thống cấp nước, Sân đường thoát nước nội khu... do Công ty Cổ phần Phát triển Xây dựng Tân Thành Đô thi công với tổng giá trị trúng thầu 32.330,201 triệu đồng nhưng buộc phải giảm trừ khi nghiệm thu thanh quyết toán đến 4.803,500 triệu đồng.

Tại thông báo số 1010/TB- TTCP, Thanh tra Chính phủ yêu cầu Bộ KH&CN xử lý số tiền sai phạm trên và chủ đầu tư dự án Sâm Ngọc Linh phải giải trình cụ thể từng khoản chi, căn cứ tình hình thực tiễn, quy định của pháp luật xử lý số tiền chi quản lý dự án tăng so với dự toán dự án được duyệt là 680,797 triệu đồng.