Thường vụ tỉnh Nghệ An đã thống nhất chủ trương điều chỉnh tổng thể quy hoạch KKT Đông Nam. Tuy nhiên, tránh nhưng vướng mắc về sau Bí thư Tỉnh ủy Nghệ An đã yêu cầu UBND tỉnh và Ban Quản lý KKT Đông Nam phải rà soát, xem xét quỹ đất trong quá trình thực hiện. ​

Theo Ban quản lý KKT Đông Nam, trong quá trình thực hiện quy hoạch chung xây dựng KKT Đông Nam nhiều vấn đề bất cập nảy sinh như: Một số khu chức năng như khu đô thị, khu phi thuế quan, khu trường chuyên nghiệp khó thu hút đầu tư; một số khu chức năng nhiều dân cư sinh sống, khó thực hiện công tác giải phóng mặt bằng, nên khó thực theo đúng quy hoạch...

Khu kinh tế Đông Nam được Thủ tướng Chính phủ thành lập tại Quyết định số 85/2007/QĐ-TTg ngày 11/6/2007. Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Đông Nam đã được Thủ tướng Chính phủ  phê duyệt tại Quyết định số 1534/QĐ-TTg ngày 21/10/2008. Đến nay, sau 12 năm thực hiện, đồ án Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Đông Nam cần được xem xét, rà soát, đánh giá quá trình thực hiện để kịp thời điều chỉnh cho phù hợp với tình hình phát triển kinh tế - xã hội trong giai đoạn phát triển mới.

Đồ án Điều chỉnh tổng thể Quy hoạch chung xây dựng Khu kinh tế Đông Nam Nghệ An đến năm 2035, tầm nhìn đến năm 2050 cho thấy. KKT Đông Nam có tổng diện tích 20.776,47 ha, bao gồm 26 xã phường, thị trấn thuộc 6 huyện, thành, thị: Diễn Châu, Nghi Lộc, Hưng Nguyên, thị xã Hoàng Mai, Cửa Lò và thành phố Vinh.

Mục tiêu của việc điều chính quy hoạch lần này là xây dựng KKT Đông Nam phù hợp với chiến lược phát triển quốc gia, chiến lược phát triển biển Việt Nam; thành khu vực phát triển kinh tế năng động, bền vững; là trung tâm phát triển du lịch, dịch vụ, đô thị, công nghiệp, cảng và kinh tế biển truyền thống; kết hợp phát triển kinh tế - xã hội gắn với tăng cường, củng cố quốc phòng - an ninh, chống chịu, thích ứng với biến đổi khí hậu.

Theo đồ án, sẽ quy hoạch khu phi thuế quan, khu đô thị, trung tâm công cộng đô thị, khu trường chuyên nghiệp,... phù hợp với xu thế phát triển hiện nay. Ưu tiên quy hoạch phát triển quỹ đất cho công nghiệp, dịch vụ, du lịch,... Nghiên cứu quy hoạch tăng diện tích đất khu công nghiệp trong KKT từ 4.461,0 ha lên khoảng 5.500,0 ha.

Bí thư Tỉnh ủy Nguyễn Đắc Vinh khẳng định tỉnh đồng tình về mặt chủ trương điều chỉnh KKT Đông Nam, nhưng cũng yêu cầu UBND tỉnh và Ban Quản lý KKT cần rà soát lại quỹ đất để xem trạng thái sử dụng đất của các dự án cũng như tại các khu công nghiệp, đô thị thuộc KKT.

Nghệ An phải xác định được tính chất chức năng của KKT Đông Nam là KKT trọng điểm, đa ngành, đa chức năng, trọng tâm phát triển các ngành công nghiệp cơ khí, điện tử, công nghệ thông tin, chế tạo ô tô, thiết bị công nghệ cao, dược phẩm, chế biến nông - lâm - hải sản; là trung tâm kinh tế giao thương quốc tế của vùng Bắc Trung Bộ, cửa ngõ quan trọng của vùng Trung, Thượng Lào, Đông Bắc Thái Lan vào Miền Trung Việt Nam.