Theo Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam, lợi dụng đặc thù tuyến đường cao tốc Nội Bài – Lào Cai có đoạn tuyến không có dải phân cách giữa (đoạn 2 làn xe từ Yên Bái đến Lào Cai), một số chủ phương tiện lợi dụng thực hiện việc quay đầu xe trên tuyến; nhiều trường hợp có hành vi gian lận, khai báo mất thẻ để đổi thẻ đầu vào nhằm mục đích gian lận cước phí. Mặc dù VEC đã có nhiều biện pháp xử lý như ghi rõ biển số xe, ca làm việc trên thẻ đầu vào, thực hiện thu phí với chặng dài nhất..., tuy nhiên còn nhiều trường hợp các chủ phương tiện không hợp tác, có hành vi chống đối, hành hung nhân viên thu phí.

Để đảm bảo công tác thu phí tuyến cao tốc Nội Bài – Lào Cai hiệu quả, hạn chế trường hợp gian lận, trốn phí, thu đúng, thu đủ và tránh thất thu, kể từ ngày 10/12/2015, VEC sẽ áp dụng phương án xử lý và ban hành mức cước phí xe quay đầu, mất vé thẻ trên tuyến đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai, cụ thể như sau:

1. Đối với trường hợp lái xe làm mất thẻ kiểm soát đường cao tốc; không xuất trình được thẻ kiểm soát đầu vào đường cao tốc tại các đầu ra, các chủ phương tiện sẽ bị lập biên bản, yêu cầu chủ phương tiện bồi thường chi phí quản lý, in ấn, phát hành vé thẻ, đồng thời tính hai lần mức cước phí theo mức ứng với lộ trình dài nhất trong biểu cước phí.

Cụ thể, các chủ xe sẽ phải bồi thường giá trị phát hành vé/thẻ: 200.000 VNĐ (Hai trăm nghìn đồng) và cước phí phải trả là 2 lần mức cước phí theo mức ứng với lộ trình dài nhất trong biểu cước phí, cụ thể:

TT	Trạm thu phí	Cước phí
		Chặng phải thu	Hệ số
1	Km6+000	Km6 – Km237	2
2	Km14+590 – IC 3	IC3 – Km237	2
3	Km24+946 – IC 4	IC4 – Km237	2
4	Km39+960 – IC 6	IC6 – Km237	2
5	Km54+640 – IC 8	IC8 – Km237	2
TT	Trạm thu phí	Cước phí
		Chặng phải thu	Hệ số
6	Km79+060 – IC 10	IC10 – Km237	2
7	Km114+100 – IC 12	IC12 – Km237	2
8	Km149+705 – IC 14	IC14 – Km6	2
9	Km198+650 – IC 16	IC16 – Km6	2
10	Km233+540 – IC 17	IC17 – Km6	2
11	Km237+000	Km237 – Km6	2

2. Đối với trường hợp thiết bị thu phí, nhân viên thu phí phát hiện các phương tiện vào, ra tại cùng một trạm thu phí, VEC sẽ xử lý:

+ Trường hợp thời gian xe vào nhỏ hơn 1 giờ: Thực hiện miễn phí.

+ Trường hợp thời gian xe vào từ 1 giờ đến 4 giờ: Thực hiện thu cước phí của chặng ngắn nhất.

+ Trường hợp thời gian xe vào từ 4 giờ đến 24 giờ: Thực hiện thu cước phí với chặng có khoảng cách tương đương ½ chiều dài chặng xa nhất.

+ Trường hợp thời gian xe vào trên 24 giờ: Thực hiện thu phí với chặng xa nhất.

Mức cước phí:

TT	Trạm thu phí	Chặng phải thu
		Từ 1h đến 4h	Từ 4h đến 24h	Hơn 24h
1	Km6+000	Km6 – IC3	Km6 – IC12	Km6 – Km237
2	Km14+590 – IC 3	IC3 – IC4	IC3 – IC12	IC3 – Km237
3	Km24+946 – IC 4	IC4 – IC3	IC4 – IC12	IC4 – Km237
4	Km39+960 – IC 6	IC6 – IC4	IC6 – IC12	IC6 – Km237
5	Km54+640 – IC 8	IC8 – IC6	IC8 – IC14	IC8 – Km237
6	Km79+060 – IC 10	IC10 – IC8	IC10 – IC14	IC10 – Km237
7	Km114+100 – IC 12	IC12 – IC10	IC12 – IC16	IC12 – Km237
8	Km149+705 – IC 14	IC14 – IC12	IC14 – IC10	IC14 – Km6
9	Km198+650 – IC 16	IC16 – IC17	IC16 – IC10	IC16 – Km6
10	Km233+540 – IC 17	IC17 – Km237	IC17 – IC12	IC17 – Km6
11	Km237+000	Km237 – IC17	Km237 – IC12	Km237 – Km6

 Trước đó, để đảm bảo tốt cho công tác quản lý vé thẻ, tránh thất thu, xử lý nghiêm những lái xe cố tình vi phạm và tái diễn tình trạng trốn phí, VEC  đã tạm thời dừng phục vụ một số xe lưu thông trên tuyến.

Cao tốc Nội Bài - Lào Cai có tổng chiều dài 245km, đi qua 5 tỉnh thành là Hà Nội, Vĩnh Phúc, Phú Thọ, Yên Bái và Lào Cai. Hiện tại, mức phí áp dụng lưu thông toàn tuyến đối với xe dưới 12 ghế, xe trọng tải dưới 2 tấn, xe buýt là 300.000 đồng/lượt; xe từ 12 -30 ghế và xe có tải trọng từ 2-4 tấn là 460.000 đồng/lượt; xe từ 31 ghế trở lên và xe có tải trọng từ 4 - 10 tấn sẽ phải nộp 610.000 đồng; mức phí áp dụng cho xe có tải trọng từ 10 đến dưới 18 tấn và xe chở container 20 feet  là 760.000 đồng/lượt; xe có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở container 40 feet phải nộp mức phí 1.220.000 đồng/lượt.