Theo Thông tư số 38, cơ quan hải quan thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa cả vào ngày nghỉ, ngày lễ và ngoài giờ làm việc để đảm bảo kịp thời việc xếp dỡ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, việc xuất cảnh, nhập cảnh của người, phương tiện vận tải. Có thể làm thủ tục hải quan trên cơ sở thông báo trước qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc bằng văn bản (chấp nhận cả bản fax) của người khai hải quan. Thông báo phải được gửi đến cơ quan hải quan trong giờ làm việc theo quy định. Ngay sau khi nhận được thông báo, cơ quan hải quan có trách nhiệm phản hồi cho người khai hải quan qua Hệ thống hoặc bằng văn bản về việc bố trí làm thủ tục hải quan vào ngày nghỉ, ngày lễ và ngoài giờ làm việc.

Thông tư cũng hướng dẫn cụ thể, trường hợp cơ quan hải quan đang kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa mà hết giờ làm việc thì thực hiện kiểm tra tiếp cho đến khi hoàn thành việc kiểm tra và không yêu cầu người khai hải quan phải có văn bản đề nghị. Thời hạn kiểm tra thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 23 Luật Hải quan. Đối với các cửa khẩu biên giới đất liền, việc thực hiện thủ tục hải quan vào ngày nghỉ, ngày lễ và ngoài giờ làm việc phải phù hợp với thời gian đóng, mở cửa khẩu theo quy định của pháp luật và Điều ước quốc tế giữa Việt Nam và các nước có chung đường biên giới.

Tại Điều 149 Thông tư 38 đã bãi bỏ 13 Thông tư liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, gồm các Thông tư: Thông tư số 94/2014/TT-BTC; Thông tư số 22/2014/TT-BTC; Thông tư số 128/2013/TT-BTC; Thông tư số 196/2012/TT-BTC; Thông tư số 186/2012/TT-BTC; Thông tư số 183/2012/TT-BTC; Thông tư số 15/2012/TT-BTC; Thông tư số 190/2011/TT-BTC; Thông tư số 45/2011/TT-BTC; Thông tư số 45/2007/TT-BTC; Thông tư số 13/2014/TT-BTC; Thông tư số 175/2013/TT-BTC và Thông tư số 237/2009/TT-BTC.