Thậm chí, theo Bộ Công thương, Bộ Tài chính còn giúp Bộ này hoàn chỉnh phương án điều hành qua các góp ý về thẩm quyền áp dụng hạn ngạch cũng như các trường hợp không cần áp dụng hạn ngạch. 

Theo đó, cuộc họp ngày 26/3 ở TP. HCM là cách làm duy nhất khả thi trong bối cảnh dịch bệnh covid-19 đang diễn biến hết sức phức tạp, đi lại khá khó khăn và Đoàn kiểm tra chỉ có 3 ngày để thu thập, phân tích, xử lý thông tin, sau đó báo cáo theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.

Theo Bộ Công thương, tại cuộc họp này, không có tỉnh, thành phố, doanh nghiệp hay bộ, ngành nào cho rằng, việc chỉ tổ chức “một cuộc họp 1/2 ngày là chưa nghiêm túc và chưa thể đánh giá được tổng thể nguồn cung và tình hình xuất khẩu gạo” như Bộ Tài chính nhận xét sau này.

Về việc không xuất khẩu gạo để người dân và doanh nghiệp bán gạo cho dự trữ quốc gia, Bộ Công thương cho là không nên làm, nhất là trong bối cảnh người dân và doanh nghiệp đang phải chịu nhiều tác động tiêu cực do dịch bệnh gây ra.

Với đề xuất dừng xuất khẩu trên cơ sở phân biệt gạo tẻ và các loại gạo khác, Bộ Công thương cho là “có thể dẫn tới rủi ro về đạo đức và là mảnh đất màu mỡ cho nhóm lợi ích và tham nhũng phát triển" bởi mắt thường rất khó phân biệt được gạo tẻ (bị cấm xuất khẩu) và gạo thơm (được xuất khẩu).

Đây cũng là nhằm tránh chuyện Hải quan sẽ phải kiểm tra, trưng cầu giám định chủng loại gạo cho từng lô gạo xuất khẩu, khiến tăng thêm chi phí tiền bạc và thời gian, và bất hợp lý trong bối cảnh doanh nghiệp và người dân đã đồng tình hạn chế xuất khẩu gạo để chung tay cùng Chính phủ đảm bảo an ninh lương thực.

Chuyện điều hành theo phương thức “đăng ký tờ khai trước được xuất khẩu trước” - FCFS, mà Bộ Tài chính cho là bất cập và đề nghị thay thế bằng đấu thầu hạn ngạch hay phân bổ hạn ngạch cũng được Bộ Công thương lập luận là khá phù hợp với khả năng giải toả cho các doanh nghiệp có hàng sẵn tại cảng. Tuy nhiên, việc triển khai cơ chế FCFS trên thực tế đã có tình trạng thiếu phối hợp, thiếu công khai, thiếu minh bạch, gây thêm khó khăn, dẫn tới những bức xúc không đáng có không phải là lỗi tự thân của cơ chế FCFS.

Bản thân Bộ Công thương cho rằng, phương thức FCFS nếu được bàn bạc, phối hợp nghiêm túc với các Bộ như chỉ đạo của Thủ tướng, qua đó bổ sung thêm một số giải pháp kỹ thuật đơn giản như bắt buộc phải khai đồng thời tên tàu và số hiệu container trên tờ khai online và không cho phép sửa đổi các thông tin này sẽ giúp giảm đáng kể tình trạng khai giữ chỗ.

Khi đó các doanh nghiệp có hàng tại cảng chắc chắn sẽ có lợi thế ưu tiên hàng đầu, bởi họ đều đã rõ tên tàu và số hiệu container và chỉ có họ mới có thể hiện thực hoá tờ khai mà không cần phải thay đổi các thông tin này.

Cũng bởi các yếu tố cụ thể này mà Bộ Công thương đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ không nên đấu thầu hạn ngạch gạo cũng như phân bổ hạn ngạch, bởi sẽ mất nhiều thời gian và vẫn tạo ra cơ chế xin – cho cũng như khiến doanh nghiệp mất thêm chi phí.

Ngoài ra, Bộ Công thương cũng cho rằng, khi doanh nghiệp không thực hiện hợp đồng với Tổng cục Dự trữ, sau khi đã trúng thầu, sẽ mất tiền bảo đảm dự thầu từ 1-3% giá trị gói thầu cho Bộ Tài chính. Theo pháp luật về dân sự, doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ của mình, nên đề xuất cấm các doanh nghiệp này tham gia xuất khẩu gạo là không có cơ sở pháp lý.