Theo đó, Bộ Tài chính đề nghị Bộ trưởng Công an chỉ đạo các cơ quan chức năng xem xét điều tra, xác minh làm rõ các nội dung nêu trên nhằm xử lý nghiêm mọi hành vi vi phạm pháp luật của các tổ chức cá nhân trong hoạt động xuất khẩu gạo; cũng như xử lý trách nhiệm các tổ chức cá nhân, trong trường hợp đưa thông tin xuyên tác và sai sự thật.

Một công văn khác cũng đồng thời được Bộ trưởng Bộ Tài chính gửi cho Tổng cục Hải quan, nêu rằng, hiện nay trên một số phương tiện thông tin báo chí và mạng xã hội cũng như một số doanh nghiệp xuất khẩu gạo đặt nhiều câu hỏi nghi vấn vê tính minh bạch trong việc mở tờ khai hải quan xuất khẩu gạo lúc 0g ngày 12/4. Nội dung nghi vấn là có hay không sự tác động tiêu cực của công chức hải quan, cơ quan hải quan;

Vì thế, Bộ trưởng Bộ Tài chính yêu cầu Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan khẩn trương tổ chức thanh tra, kiểm tra, xác minh làm rõ nội dung thông tin báo chí, mạng xã hội và doanh nghiệp phản ánh và  xử lý nghiêm sai phạm của tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật.

Bộ trưởng Bộ Tài chính yêu cầu Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan khẩn trương thực hiện và báo cáo kết quả thực hiện về Bộ Tài chính trước ngày 30/4.

Theo Bộ Tài chính, việc tạm dừng xuất khẩu gạo là thực hiện kết luận của Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc tại cuộc họp Thường trực Chính phủ về đảm bảo an ninh lương thực trong bối cảnh tác động của dịch COVID-19 ngày 23/3, trong đó có chỉ đạo Tổng cục Hải quan tạm dừng việc mở tờ khai hải quan xuất khẩu gạo từ 0 giờ ngày 24/3.

Ngày 10/4, Bộ trưởng Bộ Công thương ban hành Quyết định số 1106/QĐ-BCT về công bố hạn ngạch xuất khẩu gạo trong tháng 4-2020, trong đó có quy định về nguyên tắc quản lý hạn ngạch.

Căn cứ nguyên tắc quản lý hạn ngạch quy định tại Quyết định 1106 của Bộ Công Thương, Tổng cục Hải quan tiến hành thiết lập các chỉ tiêu thông tin trên hệ thống VNACCS để tự động theo dõi trừ lùi số lượng gạo xuất khẩu trong hạn ngạch được phép xuất khẩu và áp dụng từ 0g ngày 12/4, không có sự can thiệp của công chức hải quan.

Chi tiết thông tin về doanh nghiệp, số lượng tờ khai hải quan, số lượng gạo đã đăng ký xuất khẩu, thời gian bắt đầu và kết thúc việc đăng ký tờ khai hải quan, Bộ Tài chính đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ và công khai thông tin trên cổng Thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan.

Tuy nhiên, hiện trên một số phương tiện thông tin báo chí và mạng xã hội cũng như một số doanh nghiệp xuất khẩu gạo đặt nhiều nghi vấn tiêu cực trong tổ chức triển khai thực hiện hoạt động xuất khẩu gạo.

Những nghi vấn tập trung vào việc có hay không việc trục lợi từ chính sách quản lý hạn ngạch xuất khẩu gạo, tính minh bạch trong việc chấp hành pháp luật về hải quan của cơ quan quản lý Nhà nước và của các tổ chức, cá nhân liên quan.

Dư luận cũng cho rằng, đã có sự không minh bạch, khi có doanh nghiệp lớn mở 102 tờ khai, xuất khẩu gần 1/4 lượng hạn ngạch được Chính phủ cho phép. Trong khi đó, nhiều doanh nghiệp dù có lượng gạo lớn đang bị lưu tại cảng do cấm xuất khẩu của Chính phủ theo đề xuất của Bộ Công Thương, Bộ Tài chính trước đó, không có được tờ khai xuất khẩu nào.

Trong danh sách 39 danh nghiệp trúng tờ khai hải quan xuất khẩu gạo tháng 4, có Công ty Cổ phần Tập đoàn Intimex mở được 102 tờ khai, số lượng gạo 96.000 tấn; Tổng Công ty lương thực miền Nam, mở được 27 tờ khai với lượng xuất 38.000 tấn; Công ty cổ phần Mỹ Tường mở được 12 tờ khai, số lượng xuất hơn 10.650 tấn; Công ty TNHH Phát Tài, mở 5 tờ khai xuất 13.600 tấn gạo, trong tháng 4/2020.

Ngoài ra cũng có những doanh nghiệp trúng thầu cung cấp gạo cho Tổng cục dự trữ Quốc gia nhưng đã không thực hiện việc này, và lại có tên trong danh sách các đơn vị mở tờ khai thành công để xuất khẩu gạo.