Báo Đầu tư có bài "Doanh nghiệp bột mì phản ứng với phán quyết trốn thuế" phản ánh, ngày 3/4/2024, UBND tỉnh Tây Ninh ban hành Kết luận thanh tra số 987 cho rằng Công ty Nhựt Phát (Công ty “mẹ”, có trụ sở tại TP HCM) và Chi nhánh tại Tây Ninh (Công ty Nhựt Phát - Tây Ninh) có dấu hiệu sử dụng hóa đơn không hợp pháp để gian lận, trốn thuế nên chuyển sự việc sang công an để làm rõ.

Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh phản ứng quyết liệt  cho rằng, việc Kết luận thanh tra số 987/KL-UBND của tỉnh Tây Ninh nêu các hóa đơn Công ty Trần Cao xuất cho Công ty Nhựt Phát không có giá trị sử dụng, cũng như việc quy kết công ty "mẹ" và  Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, trốn thuế là thiệt thòi và oan ức cho doanh nghiệp

Tuy nhiên, sự việc chưa được tỉnh Tây Ninh xử lý thỏa đáng. Vì vậy, Công ty Nhựt Phát - Tây Ninh quyết định "kêu cứu" lên tận Thanh tra Chính phủ. 

Tại đơn khiếu nại, Công ty Nhựt Phát - Tây Ninh nêu hai vấn đề chính, là thẩm quyền thanh tra  và 41 hóa đơn có hợp pháp hay không.

Theo doanh nghiệp, ngày 9/6/2023, Chủ tịch UBND tỉnh Tây Ninh ra Quyết định thanh tra 1236/QĐ-UBND để thanh tra Nhựt Phát - Tây Ninh. Theo Luật Thanh tra 2010, việc thanh tra hành chính chỉ được thực hiện với “cơ quan, tổ chức, cá nhân trực thuộc trong việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ được giao”. Trong khi đó, cả Công ty “mẹ” và chi nhánh Nhựt Phát - Tây Ninh không thuộc các đối tượng này, nên không phải đối tượng thanh tra hành chính. 

Hơn nữa, trong quá trình thanh tra, các quyết định của Tây Ninh khi thì áp dụng Luật Thanh tra 2010, khi thì áp dụng Luật Thanh tra 2022 . Trong khi đó, theo Điều 118 Luật thanh tra 2022, những cuộc thanh tra có Quyết định thanh tra trước ngày 1/7/2023 (ngày Luật Thanh tra 2022 có hiệu lực) thì tiếp tục thực hiện theo Luật Thanh tra 2010.

Vấn đề chính thứ hai Nhựt Phát - Tây Ninh đề nghị Thanh tra Chính phủ làm rõ là 41 hóa đơn trong sự việc này có hợp pháp hay không.

Kết luận thanh tra của Long An cho rằng “đã làm rõ” được với 41 hóa đơn của Công ty  Trần Cao  có dấu hiệu “không hợp pháp, không có hàng hóa” và ngày 11/10/2023, Chi cục Thuế quận 4 có Văn bản 1745/CCTQ4-KT2 xác định các hóa đơn của Công ty Trần Cao không có giá trị sử dụng.

Trong khi đó, theo hồ sơ Công ty Nhựt Phát mua hàng và được Công ty Trần Cao xuất hóa đơn từ tháng 1 - 3/2019. Từ tháng 4/2019, do bị lấy lại mặt bằng, Công ty Trần Cao không hoạt động tại trụ sở cũ, nên ngày 18/4/2019, Chi cục Thuế quận 4 có Thông báo 1041/TB-CCTQ4 về việc Công ty Trần Cao không hoạt động tại địa chỉ đăng ký.

Ngày 19/9/2019, Công ty Trần Cao xin chuyển sang địa điểm mới, có văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế. Ngày 25/10/2019, Công ty Trần Cao báo cáo một số hóa đơn bị mất, cháy, hỏng, chưa kê khai thuế giá trị gia tăng quý I/2019.

Để xác định tính hợp pháp của những hóa đơn trên (có 41 hóa đơn xuất cho Công ty Nhựt Phát), ngày 1/10/2019, Chi cục Thuế quận 4 chuyển sự việc sang Công an quận 4 xác minh, làm rõ. Đến thời điểm này, Công an quận 4 vẫn chưa trả lời Chi cục Thuế quận 4 về việc những hóa đơn này có hợp pháp hay không.

“Những chứng cứ trên cho thấy việc Kết luận thanh tra số 987 (của Tây Ninh - PV) kết luận 41 hóa đơn này “không hợp pháp” là không có căn cứ pháp lý, là dấu hiệu quy chụp, suy diễn theo hướng “có tội” với doanh nghiệp chúng tôi", đại diện pháp lý Công ty Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh kêu cứu tới Thanh tra Chính phủ như vậy.