Có hai điều trong Luật Thuế tài nguyên được Ban soạn thảo sửa đổi, bổ sung 5 luật thuế đề nghị sửa. Đó là sửa đổi, bổ sung Điều 5 và Điều 6 của Luật này, liên quan đến tài nguyên nước thiên nhiên.

“Trong khi Luật Thuế tài nguyên có rất nhiều vấn đề cần phải sửa, thì lại được sửa ít quá”, ông Nguyễn Anh Tuấn, đại diện Hội đá hoa trắng tỉnh Yên Bái lo lắng.

Yên Bái và Nghệ An là hai địa bàn tập trung nhiều doanh nghiệp khai thác, chế biến đá hoa trắng. Tuy nhiên, ông Tuấn cho rằng, cách tính thuế tài nguyên đang được quy định tại Luật Thuế tài nguyên khiến làm khó các doanh nghiệp đầu tư công nghệ chế biến.

“Giá tính thuế tài nguyên lại được tính theo giá sản phẩm sau chế biến. Nghĩa là càng chế biến thành phẩm thì càng phải nộp thuế nhiều. Doanh nghiệp nào bán đá nguyên liệu thì lại lợi”, ông Tuấn nói.

Thậm chí, cách tính này khiến việc khai thác, sử dụng nguồn tài nguyên này rất lãng phí.

“Chúng tôi chỉ khai thác đá trắng, để sản xuất đá ốp lát. Nếu gặp khối đã không đủ tiêu chuẩn, đáng ra doanh nghiệp có thể khai thác để xử lý các sản phẩm giá trị thấp hơn. Nhưng vì mức áp thuế thấp nhất cũng rất cao, nên doanh nghiệp sẵn sàng nổ mìn, thành đá hộc để bán dạng nguyên liệu,  thuế nộp cũng thấp”, ông Tuấn thẳng thắn.

Cả hai điều được dự thảo sửa đổi, bổ sung của Luật Thuế tài nguyên đều chưa đả động đến nội dung này.

Công ty TNHH Khai thác khoáng sản Núi Pháo cũng có văn bản gửi Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) về nội dung này.

Bà Nguyễn Thị Hải Yến, đại diện Công ty TNHH Khai thác khoáng sản Núi Pháo thậm chí còn cho rằng, đang có mâu thuẫn giữa các quy định của Luật Thuế tài nguyên và các văn bản hướng dẫn.

Nghị định 12/2015/NĐ-CP hướng dẫn Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế và sửa đổi một số điều của các nghị định về thuế quy định với tài nguyên không bán ra, mà phải qua sản xuất, chế biến mới bán ra, thì giá tính thuế tài nguyên khai thác được xác định căn cứ vào giá trị hải quan của sản phẩm đã qua sản xuất, chế biến xuất khẩu hoặc giá bán sản phẩm đã qua sản xuất, chế biến trư thuế xuất khẩu (nếu có) và các chi phí có liên quan từ khâu sản xuất, chế biến đề khâu xuất khẩu hoặc từ khâu sản xuất, chế biến đến khâu bán tại thị trường trong nước.

Tuy nhiên, Thông tư 152/2015/TT-BTC hướng dẫn về thuế tài nguyên lại quy định trường hợp bán ra sản phẩm công nghiệp thì giá tính thuế là giá bán sản phẩm công nghiệp trừ đi chi phí chế biến phát sinh của công đoạn chế biến, từ sản phẩm tài nguyên thành sản phẩm công nghiệp… Nhưng Thông tư 152/2015/TT-BTC lại quy định chi phí này chỉ được trừ khi xác định giá tính thuế căn cứ công nghệ chế biến của Dự án đã được phê duyệt, nhưng lại không bao gồm chi phí khai thác, sàng, tuyển, làm giàu hàm lượng.

“Có nghĩa là doanh nghiệp càng đầu tư chi phí chế biến, làm giàu hàm lượng để gia tăng giá trị của khoáng sản thì càng phải nộp nhiều thuế”, bà Yến phân tích.

"Đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn thống nhất nguyên tắc xác định giá tinht thuế tài nguyên", bà Yến kiến nghị.