Cụ thể, có sự khác biệt giữa quy hoạch xây dựng và quy hoạch sử dụng đất về thời kỳ lập quy hoạch, chức năng sử dụng đất và chức năng theo quy hoạch xây dựng, thẩm quyền phê duyệt 2 loại quy hoạch này.

Việc không thống nhất giữa 2 hệ thống quy hoạch, không có quy định xác định việc áp dụng hệ thống quy hoạch nào trong trường hợp không thống nhất đã gây khó khăn cho công tác quản lý, kéo dài thời gian thực hiện dự án. 

Giữa quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch đô thị (chủ yếu là quy hoạch phân khu) lại còn mâu thuẫn, trùng lắp, khiến người dân được chuyển mục đích sử dụng đất từ đất nông nghiệp sang đất ở, đất sản xuất, kinh doanh nhưng lại không được cấp phép xây dựng (vì không phù hợp quy hoạch phân khu) hoặc được cấp phép xây dựng nhưng chỉ cấp phép xây dựng tạm, có thời hạn; hoặc người dân mua đất nhưng lại không được chuyển nhượng quyền sử dụng đất. 

Về nguyên tắc, quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng phải có sự thống nhất cả về không gian và thời gian, phù hợp với nhau và hỗ trợ lẫn nhau trong việc thực hiện chức năng của mỗi loại .

Tuy nhiên giữa quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng có thời kỳ quy hoạch không thống nhất. Nếu quy hoạch sử dụng đất có thời gian là 10 năm, kỳ kế hoạch 5 năm thì quy hoạch xây dựng có thời hạn ngắn hạn là 5 năm, 10 năm; dài hạn là 20 năm và dài hơn.

Việc lập quy hoạch sử dụng đất được thực hiện theo đơn vị lãnh thổ hành chính, ngược lại, quy hoạch đô thị lại không hoàn toàn căn cứ theo đơn vị hành chính.

Ngoài ra, từ thực tiễn quản lý và phát triển đô thị trên địa bàn, UBND TP.HCM cho hay, còn gặp nhiều vướng mắc gây khó khăn cho việc triển khai thực hiện, thậm chí không thể thực thi khi triển khai quy hoạch chung xuống tới quy hoạch phân khu.

Đơn cử là hệ thống giao thông trong đồ án quy hoạch chung mang tính định hướng tuyến nhưng khi triển khai đến quy hoạch phân khu đã có sự sai lệch, gây khó trong quản lý và cấp phép khiến nhiều tuyến đường bị chồng lấn pháp lý, gây khó khăn cho cả cơ quan quản lý và người dân, thậm chí một sô khu vực phải quản lý theo kiểu "1 hướng tuyến 2 con đường". 

Về quy hoạch sử dụng đất, khi triển khai các chức năng sử dụng đất trong đồ án quy hoạch chung đến quy hoạch phân khu và quy hoạch xây dựng nông thôn mới cũng có sự khác biệt. Cụ thể, với đất ở đô thị, mặc dù hiểu sẽ bao gồm đất đơn vị ở, đất công trình dịch vụ công cộng cấp đơn vị ở, đất cây xanh sử dụng công cộng cấp đơn vị ở và đất giao thông cấp đơn vị ở,... Tuy nhiên, tỷ lệ từng loại là bao nhiêu, cách phân chia như thế nào, có nhất thiết phải tuân thủ theo quy hoạch chung hay không thì chưa có hướng dẫn.

Sự khác biệt giữa quy hoạch xây dựng nông thôn mới và quy hoạch chung đô thị trên cùng khu vực có chức năng sử dụng đất khác nhau. Đất nông nghiệp được định hướng trong quy hoạch chung Thành phố được hiểu vẫn tồn tại đất ở nông thôn (chiếm tỷ lệ nhất định trong đó), nhưng xác định tỷ lệ, vị trí và chỉ tiêu như thế nào là phù hợp thì không có hướng dẫn cụ thể. Trong khi thực tiễn đô thị hóa tại địa phương và nhu cầu về phân bố dân cư, các khu dân cư nông thôn mở rộng rất nhanh, đến mức không thể phân định được ranh giới đất nông nghiệp và đất ở nông thôn.