Sau khi được phê duyệt Kế hoạch thực hiện Hiệp định Thương mại biên giới giữa Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Vương quốc Campuchia, các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được phân công là cơ quan chủ trì chỉ đạo xây dựng Kế hoạch thực hiện của Bộ, ngành, địa phương.

Trong đó, Bộ Công thương chủ trì tổ chức thực hiện Điều 5, Điều 6, Điều 11, Điều 13, Điều 15, 16, 17;

Ngân hàng Nhà nước Việt Nam chủ trì tổ chức thực hiện Điều 7; '

UBND các tỉnh biên giới giáp Campuchia chủ trì tổ chức thực hiện Điều 8, Điều 14;...

Các quy định tại Hiệp định này có thể áp dụng trực tiếp, toàn bộ nên không đặt ra vấn đề ban hành văn bản quy phạm pháp luật mới hoặc sửa đổi, bổ sung hay bãi bỏ các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành để thực hiện Hiệp định.

Trên cơ sở những nội dung nhiệm vụ chủ yếu trong Kế hoạch thực hiện này và căn cứ chức năng, nhiệm vụ đã được phân công, các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch UBND các tỉnh biên giới giáp Campuchia được phân công là cơ quan chủ trì chỉ đạo xây dựng Kế hoạch thực hiện của Bộ, ngành, địa phương mình để kịp thời ban hành vào thời điểm Hiệp định có hiệu lực.