Theo nội dung Chương trình phối hợp, công tác phối hợp giữa hai Bộ phải đảm bảo tính chủ động, kịp thời; phản ứng nhanh, kiên quyết đấu tranh với những vụ việc lạm dụng hóa chất công nghiệp trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản.

Trong đó,  trách nhiệm của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là chủ động thông báo cập nhật cho Bộ Công Thương quy định về danh mục hóa chất cấm, hóa chất hạn chế sử dụng trong lĩnh vực nông nghiệp; kịp thời thông tin về các vụ việc hoặc nguy cơ lam dụng hóa chất công nghiệp trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản và đề xuất với Bộ Công Thương cập nhật “Danh mục hóa chất kiểm soát đặc biệt”.

Chủ động tuyên truyền, phổ biến nâng cao nhận thức cho các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản không lạm dung hóa chất công nghiệp trong sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản.  Chủ trì, phối hợp với Bộ Công Thương tổ chức đào tạo, tập huấn các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản về việc sử dụng hóa chất an toàn và ứng phó sự cố khẩn cấp về hóa chất trong lĩnh vực quản lý của ngành nông nghiệp. Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan kiểm tra, thanh tra nhằm ngăn chặn việc lạm dụng hóa chất công nghiệp trong quá trình sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.

Đổi lại, Bộ Công Thương chủ động thông báo cập nhật cho Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn các vi phạm pháp luật về sản xuất, kinh doanh sử dụng hóa chất công nghiệp có liên quan đến sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông lâm thủy sản. Chủ động tuyên truyền, phổ biến, nâng cao nhận thức đến cơ sở sản xuất, kinh doanh hóa chất, đặc biệt là cơ sở kinh doanh nhỏ lẻ các quy định của pháp luật về quản lý an toàn hóa chất và kinh doanh, sử dụng hóa chất đúng mục đích.  

Phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong đào tạo, tập huấn, nâng cao nhận thức về sử dụng hóa chất và ứng phó sự cố khẩn cấp về hóa chất trong lĩnh vực quản lý của ngành nông nghiệp

Tại Lễ ký, đại diện hai Bộ đã thống nhất định kỳ 6 tháng/lần, hai Bên tiến hành sơ kết, đánh giá kết quả phối hợp, bổ sung nội dung phối hợp cho phù hợp với tình hình thực tế; giao Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và Thủy sản (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) và Cục Hóa chất (Bộ Công Thương) là đơn vị thường trực theo dõi, tham mưu, đề xuất với Lãnh đạo hai Bộ trong việc thực hiện Chương trình phối hợp. .